Σε προσπάθεια να κατα kolonιζεῖ την ειρηνική ακτή της Βόρειας Αμερικής, η ισπανική στέφανη ίδρυσε 21 μισιόνες ανάμεσα στο 1769 και 1823 σε αυτό που είναι τώρα η πολιτεία της Καλιφόρνια. Η δεύτερη και σημαντικότερη από τις μισιόνες ήταν η San Carlos Borromeo de Carmelo, η οποία φέρει το όνομα ενός ιταλικού καρδιναλίου 16ου αιώνα. Η Μισιόν Καρμέλ, όπως είναι γνωστή η Εθνική Ιστορική Τοποθεσία, υπηρέτησε ως γενικό επικατεστημένο για όλες τις μισιόνες μέχρι το 1803.
Ο Φρανσισκάνιος ιερέας Junipero Serra ίδρυσε τη Μισιόν San Carlos Borromeo δίπλα στον Κόλπο Monterey τον Ιούνιο 1770. Το γειτονικό ισπανικό φρούριο παρεμπόδισε τις προσπάθειες της μισιόν να μετατρέψει τους ντόπιους土著 ανθρώπους στο Χριστιανισμό, ωστόσο, γιατί οι Αμερικανοί Ινδιάνοι ισοδύναμουν τον Σέρρα με τους εκβιαστικούς ισπανικούς στρατιώτες. Ο Σέρρα απάντησε τον Αύγουστο 1771 μεταφέροντας τη μισιόν στο Καρμέλ, μια λιγότερο εθισμενη τοποθεσία όπου η γη ήταν επίσης πιο καταλληλική για γεωργία. Η κοινότητα της μισιόν, η οποία είχε σφουγγαριστεί σε περισσότερους από 800 κατοίκους το 1795, ανατρέφει πρόβατα και βόδια, καθώς και σίτο, καλαμπόκι, φασόλια και άλλες καλλιέργειες.
Μόνο τρεις από τις ισπανικές μισιόνες στην Καλιφόρνια είχαν την πολυτέλεια ενός λιθίνου ναού· όλες οι άλλες εκκλησίες μισιόν ήταν δομές από πηλό. Υπό τον διάδοχο του Σέρρα, τον Πατέρα Fermin Francisco de Lasuen, η Μισιόν Καρμέλ γίνει η πρώτη από τις μισιόνες που ανέγειρε λιθινό ναό το 1797. Οι Αμερικανοί Ινδιάνοι που δούλευαν στη μισιόν εξόρυξαν τον λίθο από τα κοντινά βουνά. Οι δύο καμπανοστίβιοι της εκκλησίας είναι ξεχωριστοί, και ένας από αυτούς στεφάνωνεται με ισπανικό-Μαυρί τζαμιά. Είναι η μόνη εκκλησία μισιόν της Καλιφόρνια με εσωτερικό σχήμα παραβολής.
Μετά την απόκτηση ανεξαρτησίας από την Ισπανία το 1821, το Μεξικό ήρθε εις κατοχή της Καλιφόρνια. Την δεκαετία του 1830, η μεξικανική κυβέρνηση σεκουλάρισε όλες τις 21 μισιόνες της Καλιφόρνια και τις μετέτρεψε σε ιδιωτική ιδιοκτησία, και ο ισπανικός κληρικός εγκατέλειψε τη Μισιόν Καρμέλ. Το 1859, η Καλιφόρνια ήταν μέρος των Ηνωμένων Πολιτειών και η αμερικανική κυβέρνηση επέστρεψε τη μισιόν στην Καθολική Εκκλησία.
Το 1961, η Καθολική Εκκλησία ανέκρινε τη Μισιόν Καρμέλ minor basilica, μια διάκριση που ο Πάπας χορηγεί σε εκκλησίες που περιέχουν ιερά λείψανα ή είναι ιστορικά σημαντικές. Η πλειοψηφία των δομών που αποτελούν σήμερα τη μισιόν είναι ανακατασκευές αρχές 20ου αιώνα, καθώς τα αρχικά πηλινά κτίρια αποσυνθέθηκαν. Η βιβλιοθήκη της μισιόν, η οποία χρονολογείται από το 1770 και ήταν η πρώτη ίδρυση στην Καλιφόρνια, στεγάζει το αιωνιό αντίγραφο της Βίβλου του Σέρρα. Το ιερό βιβλίο είναι αξιοθέατα για επισκέπτες, όπως επίσης ένα μνημείο χαλκού και μαρμάρου 1924 που χαρακτηρίζει αγαλμάτια φυσικού μεγέθους του Σέρρα και τριών άλλων μισσιοναρίων. Όλοι οι τέσσερις είναι ταφέντες κάτω από την εκκλησία της μισιόν.
