Το Mission San Diego de Alcala ευδοκιμεί. Αυτό δεν ήταν αληθές για το μεγαλύτερο μέρος της ιστορίας του. Η ιδιοκτησία του mission άλλαξε χέρια καθώς η Ισπανία, το Μεξικό και μετά οι Ηνωμένες Πολιτείες πήραν τον έλεγχο της περιοχής Σαν Ντιέγο. Ο Πάπας Παύλος VI χάρισε την ποτέ δυσκολευμένη mission την κατάσταση Βασιλικής το 1976, και σήμερα είναι ενεργή ρωμαϊκή καθολική paroικία που προσφέρει οκτώ Λειτουργίες τις Κυριακές. Πώς ένα χείρο δάσος δομή που ξεκίνησε το 1769 έφτασε που είναι σήμερα;
Τον Ιούλιο 1769, μια εξουθενωμένη ομάδα ισπανικών στρατιωτών και ιερέων έφτασε από το Μεξικό Σίτι. Ο Βασιλιάς Κάρλος της Ισπανίας ήθελε να ξεπεράσει τους Ρωσούς στο να διεκδικήσει την Καλοφόρνια. Το ταξίδι ήταν τόσο κουραστικό που σχεδόν το μισό από τους 219 ανθρώπους που ξεκίνησαν πέθαναν. Δυο πλοία με προμήθειες για την expedición γης είχαν χάσει σχεδόν όλο το πλήρωμά τους από σκορβούτ όταν έφτασαν στο Σαν Ντιέγο. Ένα πλοίο είχε μόνο το μαγείρα και ένα μέλος πλήρους.
Λίγοι πατέρες και στρατιώτες ξεκίνησαν το πρώτο από είκοσι ένα Καλοφορνιακά missions. Κατόπιν, 16.000 έως 19.000 Κουμέγια (ή Γιουμπα) Ινδιούς ζούσαν στην περιοχή. Ο στόχος των Πατέρων ήταν να φέρουν την θρησκεία τους στους Κουμέγια. Οι στρατιώτες διατάχθηκαν να επεκτείνουν την επικράτεια της Ισπανίας. Οι Κουμέγια ήθελαν να συνεχίσουν τον παραδοσιακό τους τρόπο ζωής.
Μετά τους στρατιώτες που πυροβόλησαν στους Κουμέγια για κλοπή ισπανικών υλικών, οι Πατέρες μετακίνησαν το mission εξακόσια μίλια μακριά από το Πρεσίδιο (φρούριο). Ήθελαν να απομακρυνθούν από την επιθετικότητα των στρατιωτών. Ήταν πολύ αργά, γιατί σε ένα ζευγάρι ετών οι Ινδιώτες προσπάθησαν να διώξουν τους Ισπανούς. Σκότωσαν ένα πατέρα και δύο τεχνίτες, και κατέστρεψαν τα κτίρια του Mission. Ωστόσο, υπεραπεικονίστηκαν και η εργασία στο mission ξεκίνησε ξανά.
Το 1797, το mission αποκαταστάθηκε και ευδοκίμησε. Τοπικοί Ινδιούς καλλιέργησαν 50.000 εκτάρια για το Mission. Το Mission San Diego είχε επίσης 31.000 κτήνη, σε πρόβατα, αγελάδες και άλογα. Οι Ινδιάνες γυναίκες διδάχτηκαν κλώστρανση και υφαίνηση, σαπούνι και άλλες σημαντικές δεξιότητες.
Το Μεξικό κέρδισε την ανεξαρτησία από την Ισπανία το 1821. Το 1826 ο Κυβερνήτης της Καλοφόρνιας, δήλωσε ότι όλοι οι Ινδιούς Mission που ήθελαν ελευθερία (από υποχρεώσεις στο Mission τους) μπορούσαν να γίνουν Μεξικανοί πολίτες αντί. Το 1834, όλες οι ιδιότητες Mission κατασχέθηκαν από την κυβέρνηση και βλήθηκαν στην πώληση. Το Mission San Diego δεν πωλήθηκε, οπότε χορηγήθηκε σε έναν Μεξικανό πολίτη τον Ιούνιο 1846.
Όταν οι Ηνωμένες Πολιτείες κατείχαν την Καλοφόρνια από το Μεξικό το 1846, το Mission λήφθηκε από τον Στρατό των Η.Π. ως τόπος αποθήκευσης.
Το 1863, ο Πρόεδρος Λίνκολν χάρισε όλα τα Καλοφορνιακά missions πίσω στην Ρωμαϊκή Καθολική Εκκλησία. Την εποχή εκείνη παραχώρησε επίσης 22 εκτάρια στην εκκλησία.
Μετά την επιστροφή του κτιρίου στην Ρωμαϊκή Καθολική εκκλησία, παρέμεινε ανεξέταστο μέχρι τη δεκαετία του 1880 όταν ένας π. Ubach συναθροίσει χρήματα για να βοηθήσει στην αποκατάσταση του. Ξεκίνησε επίσης να χρησιμοποιεί το κτίριο για σχολείο Ινδιών Καλοφόρνια. Μετά τον θάνατό του το 1907, η αποκατάσταση πήγε στην αναμονή μέχρι το 1931, όταν άρχισαν να αποκαθιστούν το Mission πώς ήταν το 1836.
Το 1941, η αποκατάσταση ήταν ολοκληρωμένη, και τα κτίρια του Mission άρχισαν να χρησιμοποιούνται ξανά ως τόπος για μια Ρωμαϊκή Καθολική παρουσία. Ήταν πάνω από 100 χρόνια μετά την κοσμική από το Μεξικό.
Το Mission San Diego de Alcala έχει τοποθετηθεί στο Εθνικό Μητρώο Ιστορικών Τόπων (#70000144). Ο Πάπας Παύλος VI ορίστηκε το Mission ως Minor Basilica το 1976.
