Η Κένυα είναι στην ανατολική ακτή, κοντά στη μέση της ήπειρου. Φιλοξενεί ποικίλα οικοσυστήματα: θαλάσσιες εκβολές, ορεινές ζώνες, ξερά πεδιάδα. Όπως πολλές χώρες, έχει απειλούμενα οικοσυστήματα που κινδυνεύουν να καταρρεύσουν.
Λίγα αποθετήρια/πάρκα (π.χ. Masai Mara National Reserve, Tana Primate National Reserve) είναι απειλούμενα. Το Masai Mara στεγάζει μεγάλα γαταειδή (λιοντάρια), ζέβρες, ζηράφες. Το Tana Primate Reserve: απειλούμενα είδη μαϊμούδων (Tana River mangabey, Tana River red colobus) και σπάνια πουλιά (λευκό φτερωτό απαλίς). Τα εθνικά αποθεματικά έχουν περιβαλλοντικές ζώνες (Group Ranches), πολλές επίσης απειλούμενες.
Το νερό είναι πολύτιμο στην Κένυα. Λόγω αστικής και γεωργικής ζήτησης, τα υδάτινα οικοσυστήματα είναι τα πιο απειλούμενα. Παράδειγμα: Λίμνη Ελεμενταΐτα (>400 είδη πουλιών, φλαμίνγκο). Σύμφωνα με τον Bernard Kuloba (Kenya Wildlife Service), το 85% της λίμνης χάθηκε λόγω ξηρασίας και ανθρώπινης πίεσης (αποχέτευση).
Τα ορεινά οικοσυστήματα της Κένυας είναι εξαιρετικά ευαίσθητα. Μειωμένη χιονόπτωση τα τελευταία χρόνια έκανε το νερό σπάνιο. Οι άνθρωποι εξορύσσουν όλο και περισσότερο, αφήνοντας λιγότερο για ζώα (μαϊμούδες, αντιλόπες, δασύποδα, ύαινες). Η ζήτηση για νερό βουνού είναι μέρος του λόγου που τα θαλασσιακό επίπεδα λίμνων/ποταμών είναι χαμηλά.
