Κατά τη γενοκτονία της Ρουάντας το 1994, εκτιμάται δύο εκατομμύρια Ρουανδέζοι — κυρίως εθνότητα Χούτου — έφυγαν από τη χώρα για να διαφύγουν από τη βία. η πλειοψηφία ζήτησε καταφύγιο στην γειτονική Ζαΐρη (τώρα Δημοκρατική Δημοκρατία του Κονγκό), ενώ μικρότεροι αριθμοί πέρασαν στη Μπουρούντι, Τανζανία και Ουγκάντα. Αυτή η μαζική έξοδος δημιούργησε μια από τις μεγαλύτερες και πιο πολύπλοκες ανθρωπιστικές κρίσεις της δεκαετίας του 1990, με καταφύγια που δυσκόλευαν να παρέχουν βασικά αναγκαία μεταξύ επιδημιών χολέρας και συνεχούς πολιτικής αστάθειας. Η μετατόπιση αναδιαμόρφωσε τη δημογραφική και πολιτική χάρτη της περιοχής των Μεγαλών Λιμνών για δεκαετίες.
