Το ενιαίο μεγαλύτερο εμπόδιο στην κατασκευή του Καναλιού Παναμά ήταν η ασθένεια—συγκεκριμένα ελονοσία και κίτρινος πυρετός. Οι μύγες-μεταφορείς λοιμώξεις προκάλεσαν καθολική άρρωση και θάνατο στους εργάτες, βραδύνοντας δραματικά την πρόοδο και προκαλώντας σημαντικές καθυστερήσεις μέχρι να υλοποιηθούν ολοκληρωμένα μέτρα ελέγχου μύγας.