Ασθένειες: Η ασθένεια ήταν ένα σημαντικό πρόβλημα στο Τζέιμσταουν. Οι άποικοι εκτέθηκαν σε διάφορες ασθένειες, συμπεριλαμβανομένης της ελονοσίας, του τύφου και της δυσεντερίας, στις οποίες δεν είχαν καμία ανοσία. Οι ανθυγιεινές συνθήκες διαβίωσης, η κακή διατροφή και η έλλειψη ιατρικών γνώσεων και πόρων επιδείνωσαν περαιτέρω την εξάπλωση της νόσου.
Πεινά: Οι άποικοι αντιμετώπισαν σοβαρές ελλείψεις τροφίμων και πείνα λόγω ενός συνδυασμού παραγόντων. Έφτασαν απροετοίμαστοι, με ανεπαρκείς προβλέψεις και έλλειψη γνώσης για τη γεωργία στο νέο περιβάλλον. Οι συχνές συγκρούσεις με τις ιθαγενείς φυλές της Αμερικής διέκοψαν επίσης την ικανότητά τους να εμπορεύονται τρόφιμα.
Κακή ηγεσία και διαχείριση: Οι πρώτοι ηγέτες του Τζέιμσταουν, όπως ο Τζον Σμιθ και ο Έντουαρντ Μαρία Γουίνγκφιλντ, έπαιρναν συχνά κακές αποφάσεις που συνέβαλαν στα προβλήματα της αποικίας. Οι συγκρούσεις και οι διαμάχες εξουσίας εντός της ηγεσίας εμπόδισαν την ικανότητά τους να αντιμετωπίζουν αποτελεσματικά τις προκλήσεις.
Σχέσεις ιθαγενών Αμερικανών: Οι σχέσεις με τις τοπικές φυλές των ιθαγενών της Αμερικής ήταν συχνά τεταμένες και μερικές φορές οδηγούσαν σε συγκρούσεις. Οι προσπάθειες των εποίκων να επιβάλουν ευρωπαϊκά έθιμα και έλεγχο στις γηγενείς εκτάσεις οδήγησαν σε εντάσεις και περιέπλεξαν ακόμη περισσότερο την επιβίωση της αποικίας.
Ακατάλληλη προετοιμασία: Οι Άγγλοι άποικοι έφτασαν στο Τζέιμσταουν χωρίς την κατάλληλη προετοιμασία για τις προκλήσεις του Νέου Κόσμου. Υποτίμησαν τις δυσκολίες που θα αντιμετωπίσουν και δεν είχαν τις απαραίτητες δεξιότητες, γνώσεις και πόρους για να ιδρύσουν μια επιτυχημένη αποικία.
Απομόνωση: Το Τζέιμσταουν ήταν γεωγραφικά απομονωμένο από άλλους αγγλικούς οικισμούς, γεγονός που καθιστούσε δύσκολη τη λήψη υποστήριξης και προμηθειών. Η τοποθεσία της αποικίας σε μια βαλτώδη περιοχή έθετε επίσης προκλήσεις όσον αφορά την αποχέτευση, την υγιεινή και την άμυνα έναντι επιθέσεων.
Αυτά τα προβλήματα οδήγησαν σε υψηλό ποσοστό θνησιμότητας μεταξύ των πρώτων αποίκων, με περίπου τους μισούς από τους αρχικούς αποίκους να πεθαίνουν μέσα στον πρώτο χρόνο. Χρειάστηκε σημαντική προσπάθεια, αναδιοργάνωση και αλλαγές ηγεσίας για να αποκτήσει τελικά η αποικία σταθερότητα και να εδραιωθεί ως μόνιμη εγκατάσταση.