Ηετυμολογία του «Περού» διαφωνείται μεταξύ ιστορικών και γλωσσολόγων. Υπάρχουν τρεις κύριες θεωρίες:
Από τη κεχουά Birú (ή Pirú), σημαίνει «ποτάμι» ή συγκεκριμένα το ποτάμι Birú (σύγχρονο ποτάμι Χίρα στη βόρεια Περού). Πρώιμες ισπανικές εξερευνήσεις (Αντάγιογια, 1522) άκουσαν τοπικούς αρχηγοί να αναφέρονται σε δυνατό κασίκη ή περιοχή ως «Birú». Το όνομα μετέβη νότια με την κατάκτηση του Πισάρου.
Η κοιλάδα Virú (βόρεια ακτή) φιλοξένεσε τον πολιτισμό Virú (Γκαλλινάσο) (200 π.Χ.–600 μ.Χ.). Το όνομα «Virú» μπορεί να γενικεύτηκε από τους Ισπανούς σε όλη την περιοχή. Γλωσσικά πιθανό (κεχουά wiru = «στρογγυλό/καμπυλωμένο» – ποτάμι).
Χρονογράφος Πέδρο Θιέσα ντε Λεόν (1553) έγραψε: «Το όνομα Περού προέρχεται από έναν μεγάλο άρχοντα που λεγόταν Μπερού, που διέπραττε κοντά στο ποτάμι Σαν Μιγουέλ (Χίρα).» Παρόμοια, Ίγκα Γκαρσίλασο ντε λα Βέγκα αναφέρει αρχηγό Πελού. Αυτό αντανακλά το ισπανικό πρότυπο ονομασίας χωρών από τοπικούς άρχοντες (π.χ. Χιλή ← Τίλι, Κολομβία ← Κολόμπο).
Η συμφωνία κλίνει προς Birú/Virú (γεωγραφικό) ως τελική ρίζα, φιλτραρισμένη μέσω ονόματος τοπικού άρχοντα.