Ένα Höhepunkt μιας επίσκεψης στο Εθνικό Πάρκο Yosemite είναι η αντιμετώπιση ενός από τα πολλά απειλούμενα είδη που καλεί το πάρκο σπίτι. Αν και πολλά έχουν σωθεί και αναπαραγωγούν για να αποτραπεί η πλήρης εξαφάνιση, μερικοί πληθυσμοί είναι ακόμα σπάνιοι. Οι πετριτότες Peregrine είναι ένα από τα πουλιά σε αυτή τη λίστα. Το Πετρίτο Peregrine είναι ένα σπάνιο πουλί που σχεδόν εξαλείφθηκε ολοκληρωτικά από την χημική ουσια DDT τη δεκαετία του 1950. Το Πετρίτο Peregrine είναι ένα από τα ταχύτερα πουλιά στον κόσμο, φτάνοντας ταχύτητες πάνω από 70 μίλια ανά ώρα όταν πετάει για να πιάσει θήρα. Το χρυσό αετός είναι επίσης ένα απειλούμενο πουλί που καλεί το Yosemite σπίτι. Με φτερωτές πανοπλίες μεταξύ 60 και 96 ίντσες, είναι μερικά από τα μεγαλύτερα στην υποείδους Aquila. Συχνά βρισκόμενο καθήμενο δίπλα στα βουνά ή σε υψηλά υψώματα, ο χρυσός αετός μπορεί να είναι δύσκολο να βρεθεί στο πάρκο. Το αρνί βουνού (bighorn sheep) είναι ένα δημοφιλές ζώο που συχνά βρίσκεται σε κοιλάδες και βραχώδεις γεωμορφίες βαθιά στο πάρκο. Με τα μεγάλα, καμπυλά, 30-λίτρα κέρατα, δεν είναι δύσκολο να χάσει. Τα πρόβατα έχουν μάχεται την εξαφάνιση με τη βοήθεια των Boy Scouts, οι οποίοι έχουν συγκεντρώσει χρήματα για ιδιωτικά κυνηγετικά πεδία και καταφύγια.
Τα πουλιά είναι πολύ διαδεδομένα στο Yosemite και είναι ένα από τα κύρια έλκητα που φέρνουν επισκέπτες στο πάρκο κάθε χρόνο. Το Κόκκινο Γερακό (Red Tailed Hawk) είναι ένα από τα πιο αναγνωρίσιμα πουλιά θήρας στο πάρκο. Η ερυθρή ουρά του γερακού το κάνει εύκολο να βρεθεί στα δέντρα και τους βραχοειδείς κλίβους. Το Stellars Jay είναι ένα μπλε πουλί με μαύρο στήθος, συχνά ενοχλητικό για τους επισκέπτες του πάρκου. Γνωστό ως ο κλέφτης πικνίκ, το Stellar τείνει να αρπάζει φαγητά πικνίκ όταν λιγότερο αναμένεται. Το Dark Eyed Junco θαυμάζεται από φωτογράφους λόγω της μαύρης κούκλας και των λευκών φτερών ουράς. Για τους φίλους κουκουβάγιας, η Μεγάλη Γκρίζα Κουκουβάγια είναι η μεγαλύτερη κουκουβάγια στο πάρκο. Συχνά φωλιάζει στην alta δασική περιοχή δρυών του πάρκου, είναι πολύ φωτογενική.
Ενώ το ψάρεμα επιτρέπεται σε ορισμένες περιοχές του πάρκου, πολλά ψάρια μπορούν να δουν και από θέατρες παρατήρησης και καθώς κάνει κανό. Το ψάρι rainbow trout είναι το πιο δημοφιλές και διαδεδομένο ψάρι στην κοιλάδα Yosemite. Είναι εύκολα αναγνωρίσιμα από τις ιριδωπό χρωματιστές χالشπιδες και τις σκούρες ροζ ζώνες που εκτείνονται στα σώματά τους. Το California Roach, Hardhead, Riffle Sculpin και το Sacramento Sucker είναι μερικά από τα άλλα είδη ψαριών που βρίσκονται στο πάρκο.
Το Yosemite είναι γεμάτο τεσσάρων ποδιών φίλους που φέρνουν χαρακτήρα και χάρη σε αυτό το εθνικό πάρκο. Το Μουλ ντέρ (Mule Deer) είναι ένα από τα πιο δημοφιλή και εύκολα ζώα να βρεθεί στο πάρκο. Συχνά βρισκόμενο σε χορτοφύλακες λιβάδια, κοντά στα ποτάμια και διασχίζοντας μονοπάτια, αυτό το ελάφι είναι εύκολα αναγνωρίσιμο από τη χαρακτηριστική μαύρη ουρά του. Πολλές κογιές καλούν το Yosemite σπίτι. Αν και οι περισσότερες είναι φιλικές και δεν θα ενοχλήσουν τους ανθρώπους εκτός αν γωνιαστούν ή προκαλεστούν, το να προσεγγίσετε μία δεν συνιστάται. Οι κογιές κάνουν το μεγαλύτερο μέρος του κυνηγιού τους τη νύχτα και το πρωί νωρίς και ξεκουράζονται την ημέρα. Σκίουρα όπως η California Ground Squirrel και η Western Grey Squirrel βρίσκονται σε όλο το πάρκο. Η California Ground βρίσκεται μόνο τους καλοκαιρινούς μήνες λόγω υπνου. Η Western Grey μένει όλο το χρόνο αλλά είναι πιο συχνή τους χειμερινούς μήνες. Η Western μπορεί να διακριθεί από την Ground Squirrel λόγω της φουσκωμένης ουράς της. Τα Λιοντάρια Βουνού (Mountain Lions) είναι ένα ειδικό δώρο να δει κανείς στο πάρκο. Είναι συνήθως καλά καμουφλαρισμένα και πολύ ιδιωτικά - προτιμούν να κρατούν τους ανθρώπους από απόσταση. Η παρατήρηση συνιστάται από μερικά εκατοστά πόδια μακριά. Τα διόπτρα είναι εξαιρετικό εργαλείο για την εύρεση και παρατήρηση των περισσότερων ζώων στο πάρκο.
Ένα από τα πιο κυρίαρχα ζώα άγριας ζωής στο Yosemite είναι η Μαύρη Αρκούδα. Υψηλά έξυπνη αλλά πολύ περίεργη, η μαύρη άρκούδα θαυμάζει πραγματικά τους ανθρώπους. Αν και η μαύρη άρκούδα είναι ένα από τα πιο γνωστά είδη που συγκεντρώνονται στο Yosemite, συχνά μπορεί να μπερδευτεί με άλλες άρκουδες λόγω των διακυμάνσεων στο χρώμα. Ασπρόλευκη, ξανθή ή κανέλα στο χρώμα, το χρώμα της τρίχας αλλάζει συχνά κατά τη διάρκεια της σεζόν. Γενικά φιλική προς τους ανθρώπους και έντονα έλκεται από ανθρώπινο φαγητό, η προσοχή πρέπει να ληφθεί ακόμα αν μια άρκουδα προσεγγίσει. Το να απομακρύνεστε αργά από τη διαδρομή της άρκουδας και να μην προσπαθείτε να πάρετε φαγητό από την άρκουδα είναι έντονα προτεινόμενα.
