Με περισσότερες από 12.000 είδη ενδήμων φυτών, η Μαδαγασκάρης είναι ένας από τους πιο βιολογικά ποικίλους τόπους στη Γη, σύμφωνα με το Conservation International. Το 80 τοις εκατό της χλωρίδας της Μαδαγασκάρης δεν βρίσκεται πουθενά αλλού στον κόσμο, συμπεριλαμβανομένων 10 οικογενειών και 260 γένους φυτών, κάνοντάς τη δεύτερη μόνο στην Αυστραλία όσον αφορά τη βιοποικιλότητα, δηλώνει ο βιολόγος C.R. Huxley στο βιβλίο του "Chorology, Taxonomy and Ecology of the Floras of Africa and Madagascar".
Υπάρχουν έξι είδη δέντρου μπαομπάμπ ενδημικά στην Μαδαγασκάρης, όλα μέλη του γένους adansonia. Συχνότερα βρίσκονται στα ξηρά αποφυλλοφόρα δάση της δυτικής Μαδαγασκάρης, τα δέντρα μπαομπάμπ είναι τέλεια προσαρμοσμένα στη ζωή στις ημιξερές συνθήκες αυτού του οικοσυστήματος. Μεγαλώνοντας σε ύψος 100 ποδιών με διάμετρο κορμού έως 36 ποδιών, τα μπαομπάμπ είναι τα μεγαλύτερα δέντρα στην Μαδαγασκάρης, σύμφωνα με το "Chorology, Taxonomy and Ecology of the Floras of Africa and Madagascar". Τα δέντρα αναγνωρίζονται εύκολα από τους οισωμένους κορμούς τους, οι οποίοι μπορούν να κρατήσουν έως 32.000 γαλόνια νερό σε αναμονή της ξηρασίας που χαρακτηρίζει την περιοχή. Τα δέντρα μπαομπάμπ χρησιμοποιούνται εκτεταμένα από τους bảnιους της Μαδαγασκάρης ως πηγή τροφής.
Όλα τα έξι είδη αλγουάντια, ή ακανθώδεις φυτά, είναι σημαντικό συστατικό του οικοσυστήματος ακανθοδούς δάσους της Μαδαγασκάρης. Αν και τα φυτά μπορεί να κυμαίνονται σε μέγεθος από 6 έως 60 πόδια ύψος, σύμφωνα με το "Chorology, Taxonomy and Ecology of the Floras of Africa and Madagascar", όλα τα ακανθώδη φυτά έχουν ορισμένες κοινές χαρακτηριστικές, όπως παχύσαρκοι κορμοί με αποφυλλοφόρα φύλλα διασπαρμένα με αγκάθια μήκους ενός ίντσα. Οι διαφορές μεταξύ των ειδών προκύπτουν από τη συνήθηتهم ανάπτυξης, η οποία μπορεί να κυμαίνεται από ψηλό κεντρικό κορμό με ακανθώδεις κλάδους, όπως βρίσκεται στο alluaudia ascendens, dumosa, procera και montagnacii, έως κομψά, βαρύκορμα είδη όπως το alluaudia comosa και το alluaudia humbertii.
Με περισσότερες από 1.000 είδη στο νησί, οι ορχιδέες αποτελούν την μεγαλύτερη οικογένεια φυτών στην Μαδαγασκάρης και, σύμφωνα με τον Philip Cribb, συγγραφέα του "Field Guide to the Orchids of Madagascar", περισσότερες από 90 τοις εκατό από αυτές δεν βρίσκονται πουθενά αλλού στη Γη. Η καταστροφή βιοτόπου είναι η κύρια απειλή για τις ορχιδέες που ζουν στην Μαδαγασκάρης, αν και οι συλλέκτες ορχιδέων που μαζεύουν από την άγρια φύση είναι επίσης ζήτημα. Μεταξύ της καταπληκτικής ποικιλίας ορχιδέων ενδημικών στην Μαδαγασκάρης είναι η eulophiella roempleriana, μια από τις μεγαλύτερες και σπανιότερες ορχιδέες στο νησί. Βρίσκεται μόνο στις κορυφές του συνηθισμένου δέντρου σφειρίδας εντός περιορισμένης ζώνης langs την ακτή, η ορχιδέα έχει συλλεχθεί до του σημείου της εξαφάνισης για τα εντυπωσιακά της, ματζέντα λουλούδια.
Από τα 170 είδη φοίνικα που βρίσκονται στην Μαδαγασκάρης μόνο πέντε βρίσκονται αλλού στον κόσμο, σύμφωνα με ερευνητές των Κεγ Γαρντενς. Δύο από τα σπανιότερα και περισσότερο απειλούμενα είδη φοίνικα στην Μαδαγασκάρης είναι το dypsis ambositrae, από το οποίο λιγότερα από 20 δείγματα επιβιώνουν στην άγρια φύση, και το beccariophoenix madagascariensis, το οποίο απειλείται από τους συλλέκτες σπόρων, που κόβουν τα δέντρα για να φτάσουν εύκολα στους σπόρους τους.
