Η Ονδούρας φιλοξενεί εξαιρετική βιοποικιλότητα, με τεράστιο φάσμα ενδημικών φυτών και ζώων. Δεδομένου του μεγάλου αριθμού είδων που απειλούνται, η κυβέρνηση έχει προωθήσει σημαντικές πολιτικές διατήρησης και προστασίας, ενισχύοντας την περιβαλλοντική συνείδηση. Ο ταξιδιώτης που θα επισκεφθεί τη χώρα θα εκπλαγεί από την πλούσια φυσική ζωή που το περιβάλλει.
Το πεύκο είναι ενδημικό στην Ονδούρας και αποτελεί το εθνικό δέντρο της χώρας. Προϊόντα του χρησιμοποιούνται πολυδιαστατικά, ενώ η επαρκής προστασία φυσικών πόρων εξασφαλίζει την αφθονία του. Το εθνικό λουλούδι είναι η ντόπια ορχιδέα, η οποία προστατεύεται και ρυθμίζεται από το κράτος. Συχνά συναντώνται και καρποφόρα δέντρα: φοινίκες, κoκό-πλάμ και αμυγδαλιές. Μαγροβιακά φυτά — κόκκινα, μαύρα και λευκά μαγγρόβια — αναπτύσσονται στα λιμνοθαλάσσια. Άλλα ενδημικά φυτά περιλαμβάνουν συκιά, βρομηλιές και πτερίδες.
Η λευκή ελάφι ζει στις πεδινές και βραχοειδείς πρασινάδες εκτάσεις της Ονδούρας, κοινόβιον με άλλα ενδημικά είδη. Είναι φυτόφαγη, κύρια θήρα για πούμες και τζαγκουάρ. Άλλα ζώα της περιοχής: μυρμηκοφάγος, αρμαδίλιος, ταπίρ, αλεπού/κογιότε, ελάφι, πεκάρι, θηλαστής, σκαντζόχοιρος και διάφορα είδη πιθήκων. Η χώρα φιλοξενεί επίσης πολλούς τύπους θαλασσίων χελωνών, μεταξύ των οποίων η χελώνα χελώνα (hawksbill).
Περίπου 725 είδη πουλιών ζουν στην Ονδούρας. Στα ενδημικά αναφέρονται ταγκεράδες, οριόλες, τσικνιάδες, αρακλές, τουκάνια, κετσάλ, μωτμωτ, παπαγάλοι, ιβίδες, γλάροι και αλκυόνες. Το Honduran Emerald εντοπίζεται στα ξηρά δάση της επαρχίας Olanchito. Το εθνικό πουλί είναι η σкарλετ μακάγια, η οποία κατοικεί στις περιοχές Olancho, Rio Patuca και Mosquitia.
Στα ενδημικά ερπετά συμπεριλαμβάνονται καϊμάν, κροκόδειλος, bushmaster, κοралλοφίδι, φερ-ντε-λάνς, κερατοειδές φίδι, ραβδοειδές φίδι, φίδι-μαστίγιο και ιγκουάνα. Το καφέ καϊμάν έχει καταταχθεί σε απειλούμενα είδη λόγω καταστροφής βιοτόπιου. Διαθέτει 74-80 οδόντες και διανέμεται και σε άλλες περιοχές της Κεντρικής Αμερικής.
