Η Ονδούρα προσφέρει ευρεία και ποικιλématique γκάμα φυλών και φάυνας, το πολύ από την οποία είναι εγχώρια στη χώρα. Με τόσα πολλά απειλούμενα και μοναδικά ζώα μέσα στα εδάφη της, η κυβέρνηση της Ονδούρας έχει πάρει μεγάλα βήματα προς τη συντήρηση, προστασία και ενθάρρυνση αυξανόμενης περιβαλλοντικής κοινότητας. Αν ταξιδέψετε στην Ονδούρα, δεν θα απογοητευτείτε από τα ζώα και τα φυτά που σας περικυκλώνουν όταν βγαίνετε έξω.
Το δάσος πεύκου είναι εγχώριο στην Ονδούρα και είναι επίσης γνωστό ως το εθνικό δέντρο της Ονδούρας. Τα προϊόντα του χρησιμοποιούνται με ποικίλους τρόπους και αναπτύσσεται αφθονώς σε όλη τη χώρα λόγω της αφοσίωσης προστασίας και συντήρησης που δίνεται στους φυσικούς πόρους. Το εθνικό λουλούδι της Ονδούρας είναι η εγχώρια ορχιδέα. Η κυβέρνηση κάνει προσπάθειες να προστατεύσει, να συντρήσει και να ελέγξει την εμπορία και καλλιέργεια ορχιδειών. Δέντρα καρποφόρα είναι επίσης εύρετα στην Ονδούρα, συμπεριλαμβανομένων φοινίκων κокο, coco plums και αμυγδαλιών. Φυτά μανγκροβιών συμπεριλαμβανομένων κόκκινων μανγκροβιών, μαύρων μανγκροβιών και λευκών μανγκροβιών αναπτύσσονται επίσης στην Ονδούρα. Άλλα εγχώρια φυτά περιλαμβάνουν συκιά, μπρομελιές και πτέριδες.
Το λευκό-ουρά ελάφι ζει στις равίνες της Ονδούρας και σε υψώδεις λόφους με πυκνή βλάστηση μαζί με άλλα εγχώρια είδη. Τα λευκά-ουρά ελάφια είναι χορτοφάγα, και οι κύριοι predators τους είναι πούμες και τζαγκουάρ. Άλλα εγχώρια ζώα που βρίσκονται στην περιοχή περιλαμβάνουν μυρμηκοφάγους, αρμαδίλλους, ταπίρ, αλεπούδες, κογιούτες, ελάφια, peccary, pocket gopher, δασκάλους και διάφορα είδη πιθήκων. Η Ονδούρα φιλοξενεί μια γκάμα διαφορετικών ειδών θαλασσίων χελώνων, και η χελώνα hawksbill μπορεί να παρατηρηθεί εδώ.
Περίπου 725 είδη πουλιών καλεί την Ονδούρα σπίτι. Τα εγχώρια πουλιά της περιοχής περιλαμβάνουν tanagers, orioles, γκρανάδες, μακάους, τουκάνους, quetzals, motmots, παπαγάλους, ibilis, terns και kingfishers. Το Ονδούρας Emerald βρίσκεται στην ξηρή περιοχή δάσους της επαρχίας Olanchito. Το εθνικό πουλί της Ονδούρας είναι το κόκκινο μακάο, το οποίο κατοικεί τις περιοχές Olancho, Rio Patuca και Mosquitia της χώρας.
Μερικά εγχώρια ερπετά στην περιοχή περιλαμβάνουν το καϊμάν, κροκοδείλο, bushmaster, coral snake, fer-de-lance, κερατιάς viper, ραψώνιδι, whip snake και ιγκουάνα. Το καφέ καϊμάν έχει τεθεί στη λίστα απειλούμενων ειδών λόγω καταστροφής οικοτόπου. Έχει 74-80 δόντια και μπορεί επίσης να βρεθεί σε άλλα μέρη της Κεντρικής Αμερικής.
