Η Καλιφόρνια έχει 157 απειλούμενα και υπό εξαφάνιση φυτά και ζώα από τον Ιανουάριο 2011 σύμφωνα με το Τμήμα Αλιείας και Κυνηγίου στο Φυσικά Πόρων του Κράτους της Καλιφόρνια. Ο Νόμος για τα Απειλούμενα Είδη της Καλιφόρνια του 1984 δημιούργησε τις κατηγορίες "υπό εξαφάνιση" και "απειλούμενα" ως τρόπο κατηγοριοποίησης ζώων με βάση τους πληθυσμούς. Ο Καλιφορνιακός κονδόρας είναι ίσως το πιο διάσημο απειλούμενο ζώο.
Όλα τα απειλούμενα ή υπό εξαφάνιση μαλάκια στην πολιτεία της Καλιφόρνιας είναι γαρίδες ή αστακοί. Αυτά περιλαμβάνουν διάφορους τύπους φεγγαρί γαρίδες, αστακούς Shasta και γαρίδες γλυκύ νερού. Οι γαρίδες γλυκύ νερού είναι γνωστές ως detritus feeders και κανένα άλλο ζώο ρεύματος δεν μπορεί να καλύψει αυτόν τον ρόλο. Κάθε ζώο έχει σημαντικό ρόλο στο οικοσύστημα, και παράγοντες όπως η ρύπανση και τα εισαγόμενα είδη μπορούν να τα επηρεάσουν.
Είδη πestroφών, σμέλτ, chub και σαλμός είναι υπό εξαφάνιση στην Καλιφόρνια. Chinook και Coho σαλμός και τα δύο έγιναν μέρος της λίστας υπο εξαφάνισης είδους, καθώς και little kern, Lahontan cutthroat και Paiute cutthroat πestroφές. Η εξαφάνιση ψαριών οφείλεται σε μεγάλο βαθμό στη ρύπανση και την υπεραλίευση. Δύο ψάρια· το Tecopa pupfish και το thicktail chub έχουν εξαφανιστεί.
Η πράσινη θαλασσια χελώνα και η καρέτα-καρέτα είναι δύο γνωστά είδη ερπετών που είναι υπό εξαφάνιση. Άλλα περιλαμβάνουν την ερημική χελώνα, τη χελώνα Ridely και τη δερματοχελύδα. Το γυμνόποδα banded gecko, η οξύρρινη λεοπάρδαλη σαύρα, η νησιωτική νυχτερινή σαύρα και η νοτιά ρεζινά χελώνα είναι άλλα ερπετά που ταξινομούνται ως απειλούμενα ή υπό εξαφάνιση στην πολιτεία της Καλιφόρνιας.
Οι φάλαινες είναι γνωστά στοιχεία της λίστας υπο εξαφάνισης. Οι φάλαινες fin, Sei, μπλε, humpback, eight, sperm και killer whale περιλαμβάνονται όλες στη λίστα υπο εξαφάνισης της Καλιφόρνιας, τρία από τα οποία προστέθηκαν μετά το 2000. Η νοτιά θαλασσια βίδρα, το αστεριακό λιοντάρι, επτά είδη αλεπούδες και διάφορα μικρά μαμμάλια όπως το ποντικί αλάτι marsh harvest mouse περιλαμβάνονται επίσης.
