Το Μέιν φιλοξενεί περίπου 1.500 ενδημικά είδη φυτών. Λόγω ποικίλου κλίματος και Relief, διαθέτει ποικίλους βιότοπους που επιτρέπουν σε πολλά φυτά να ευδοκιμούν. Το Μέιν έχει επίσης εισαγάγει πολλά μη ενδημικά είδη, μερικά καταστρεπτικά για τους ενδημικούς βιότοπους.
Τα ενδημικά είδη είναι αυτά που είτε είναι αὐτόχθονα είτε έφτασαν χωρίς ανθρώπινη παρέμβαση. Έχουν εξελιχθεί σε συσχέτιση με τις ανάγκες του τοπίου. Υπηρετούν πολλούς σκοπούς: τροφή και καταφύγιο για την τοπική fauna, πόροι και θρεπτικά για άλλα είδη. Συνηθισμένα ενδημικά δέντρα: κόκκινη δρυτσιά, πεύκες, λευκή πεύκη, ανατολική τσούγκα. Φυτά που δίνουν τροφή: φρυγανά με καρπούς όπως winterberry, γκρι κρανιά, chokeberry.
Δεν όλα τα μη ενδημικά απειλούν τα ενδημικά, αλλά μερικά είναι καταστρεπτικά. Σύμφωνα με την Lois Berg Stack (University of Maine), αν αφήσουν ελεγκτά, μπορούν να οδηγήσουν σε εξαφάνιση ειδών. Σοβαρά εισβολευτικά: ασιατικό καπριφόρτι, ιαπωνική βέρμπερι, πορφυρή λυσμάχια.
Το Maine Natural Areas Program (MNAP) παρακολουθεί είδη ευάλωτα στην απώλεια. Μέσω τεκμηρίωσης, ιστορικής ανάλυσης και πεδίων surveys, έχει καταγράψει φυτά σε κίνδυνο. Στο κατάλογο 2010: κόκκινη δρυτσιά, αλεούτινα μαιδέν hair fern, moonwort, New England reed grass.
Από Αυγούστο 2009, πολλά εισβολευτικά έντομα και ασθένειες απειλούν ενδημικά φυτά. Το Τμήμα Γεωργίας λάβει $75.000 για εκπαίδευση ειδικών και outreach. Πληροφορίες για ασιατικό longhorned beetle (καταστρέφει δέντρα σε γειτονικές πολιτείες). Άλλα: fall webworm, γυψόμυγα, ash anthracnose (ασθένεια φραξίνων).
Υπάρχουν φυτά που πρέπει να αποφεύγετε. Αν και τα περισσότερα φυτά βρεφικοκομείων δεν είναι εισβολευτικά, μερικά είναι καταστρεπτικά. Αποφύγετε ιαπωνική βέρμπερι (διασπάται από πουλιά στα δάση/ελώνες). Αποφύγετε πορφυρή λυσμάχια: ένα φυτό παράγει ~3 εκατομμύρια σπόρους και αναπτύσσεται εύκολα.
