Τα Great Smoky Mountains φιλοξενούν δύο απειλούμενα θηλαστικά, το ένα είναι η νυχτερίδα Indiana. Η νυχτερίδα Indiana είναι μια μεσαίου μεγέθους νυχτερίδα που σχετίζεται με την καφέ και την γκρι νυχτερίδα. Σύμφωνα με το Missouri Department of Conservation, οι νυχτερίδες Indiana είναι δύσκολο να διακριθούν από τις καφές νυχτερίδες εκτός από ένα διακριτικό keel στην ουρά τους. Η νυχτερίδα Indiana είναι απειλούμενη λόγω του ανθρώπου, κυρίως λόγω διαταραχών στο habitat της υπνοχής τους. Η κατασκευή ταμιευτηρίων έχει πλημμυρίσει τα σπηλιά τους. Επίσης, αυξήσεις θερμοκρασίας και υγρασίας έχουν θερμανθεί μερικά σπηλιά έως το σημείο που οι νυχτερίδες δεν μπορούν να υπνιάσουν εκεί.
Ένα άλλο απειλούμενο θηλαστικό που ζει στα Smoky Mountains είναι το Carolina northern flying squirrel, ένα μικρό θηλαστικό που είναι μικρότερο από ένα πόδι μήκους και ζυγίζει τρία έως πέντε ουγγιές σύμφωνα με την U.S. Fish and Wildlife Service. Έχει παχύ, μαλακό γούνα που είναι γκρι με ερυθρά σημεία στην πλάτη και μια μεγάλη, διακριτική ουρά. Η αποδάση και η ανάπτυξη σκι έχουν καταστρέψει μεγάλο μέρος του habitat αυτού του σκαλοπούλου. Επίσης, το Southern Flying Squirrel είναι πιο επιθετική προκύριος και έχει σκοτώσει πολλά από αυτό το είδος.
Ένα απειλούμενο πουλί που ζει στα Smoky Mountains είναι ο red-cockaded woodpecker. Αυτό το πουλί, которое είναι μεγέθους καρδινάλ, ζει σε δάση πεύκων που είναι τουλάχιστον 80 ετών, σύμφωνα με το EarthsEndangered.com. Αυτά τα πουλιά έχουν μαύρα και λευκά φτερά και τα αρσενικά έχουν ερυθρά σημεία στον νώτο. Ο red-cockaded woodpecker είναι απειλούμενος επειδή η αποδάση έχει καταστρέψει μεγάλο μέρος του habitat του. Φυσικές καταστροφές όπως καταιγίδες έχουν καταστρέψει επίσης τα φωλιά τους.
