Μέσα στα τέσσερα εθνικά πάρκα περιοχών Everglades και Biscayne National Parks, Big Cypress National Preserve και Fort Jefferson National Monument, υπάρχουν 16 απειλούμενα και έξι threatened wildlife. Η απώλεια habitat και η αλλαγή ροής νερού είναι οι δύο μεγαλύτερες επιρροές που οδηγούν στην απειλή.
Η καταστροφή habitat είναι μόνο μερικώς υπεύθυνη για την πτώση του Florida panther. Η γονιδιακή close breeding, σκότωση και υδράργυρος δέσμευση είναι επίσης υπεύθυνα.
Το West Indian manatee, συνήθως αναφερόμενο ως «sea cow», έχει απειληθεί από ελικόπτερα βάρκα, vandal επιθέσεις, furtive hunting και καταστροφή habitat.
Arctic peregrine falcons, Cape Sable sea sides, σπουργίτες, snail (Everglade) kites, νότια bald eagles και wood storks αντιμετωπίζουν απειλή στα Everglales. Μελετώντας το wood stork, οι επιστήμονες ανακάλυψαν ότι έχει γίνει μείωση σε όλα τα βουτοπούλια στο πάρκο από το 1930s τουλάχιστον 90 τοις εκατό.
Το Key Largo cotton mouse και Key Largo wood rat είναι τα δύο απειλούμενα glires των Everglades. Και τα δύο εξαρτώνται έντονα από τη δομή, σύσταση και ποιότητα τροπικών σκληροξύλων hammocks και παραμένουν απειλούμενα λόγω ουσιαστικής απώλειας habitat.
Αμερικανικά κροκοδείλα και αλιγάτορες, Atlantic ridley χελώνες, πράσινες χελώνες, hawksbill χελώνες και leatherback χελώνες είναι τα threatened ερπετά και αμφίβια των Everglades. Πολλά ζώα, όπως αλιγάτορες, χτίζουν τα φωλιά τους στο υψηλό επίπεδο νερού και καταστρέφονται όταν οι άνθρωποι χειρίζονται τις προμήθειες νερού.
Η Schaus swallowtail πεταλούδα είναι άλλο είδος που αντιμετωπίζει αυτή τη στιγμή την απειλή εξαφάνισης στα Everglades. Αυτή η πεταλούδα καταχωρίστηκε ως threatened είδος το 1976 ως αποτέλεσμα της μείωσης του τροπικού σκληροξύλου hammock habitat της, πρακτικών ελέγχου κουνουπιών, και over-collecting.
