Η Μισιόν San Jose, ιδρυμένη στα τέλη του 18ου αιώνα, είναι μια από τις μισιόν που ιδρύθηκαν από τους Ισπανούς στην Καλιφόρνια πριν γίνει μέρος των Ηνωμένων Πολιτειών. Στα αιώνες από τότε, οι περισσότερες από τις δομές που χτίστηκαν από αυτούς τους πρώιμους Καληφορνιακούς έχουν καταστραφεί και μερικές από αυτές έχουν ξαναχτιστεί. Όλο αυτό το χρόνο, η περιοχή γύρω από τη μισιόν έχει επιμαρτυρήσει την τεράστια ανάπτυξη της κοντινής περιοχής του κόλπου Σαν Φρανσίσκο, συμπεριλαμβανομένης της πόλης της μισιόν, Fremont, και της κοντινής San Jose. Τώρα η μισιόν είναι ένα εκπαιδευτικό και πολιτιστικό περιουσιακό στοιχείο της βόρειας Καλιφόρνιας, καθώς και ένα λειτουργικό Καθολικό ναό.
Οι Ισπανικές μισιόν στην Καλιφόρνια του 18ου αιώνα εξυπηρετούσαν έναν αριθμό σκοπών, αλλά κυρίως χτίστηκαν για να βοηθήσουν να ασφαλίσουν τις δικαιώματα της Ισπανίας σε τόσο απομακρυσμένο μέρος, και να εισάγουν το Χριστιανισμό στην τοπική πληθυσμό των Αμερικανών Ινδιάνων. Οι μισιόν είχαν επίσης το δυστυχές παρενέργεια να εισάγουν νέες και συχνά θανατηφόρες ασθένειες στους Ινδιάνους. Η Μισιόν San Jose ήταν η 14η τέτοια μισιόν που ιδρύθηκε από τους Ισπανούς, τοποθετημένη ανατολικά του κόλπου Σαν Φρανσίσκο στην πορεία για την Κοιλάδα San Joaquin. Οι περισσότεροι κοντινοί κάτοικοι στην εποχή της ίδρυσης ήταν Ινδιάνοι Ohlone, ένα λαός κυνηγής-συλλογής-αλιείας.
Ο πατέρας Fermin Francisco de Lasuen ιδρύση επίσημα τη Μισιόν San Jose, του οποίου το πλήρες αρχικό όνομα ήταν "La Mision del Gloriosisimo Patriarch San Jose", τον Ιούνιο 1797, κοντά στο χωριό Ohlone Orisom. Η μισιόν ονομάστηκε προς τιμήν του Ιωσηφ, του συζύγου της Μαρίας, της μητέρας του Ιησού. Η πόλη της San Jose, Καλιφόρνια, η οποία ιδρύθηκε περίπου 20 χρόνια πριν τη μισιόν, ονομάστηκε για τον ίδιο άγιο, αλλά αλλιώς δεν έχει ιστορική σύνδεση με τη μισιόν.
Η μισιόν ευδοκίμησε στα πρώιμα της χρόνια. Σύμφωνα με τον ιστότοπο της μισιόν, "τρία χρόνια μετά την ίδρυση της Μισιόν San Jose, αρκετές εκατοντάδες Ohlones είχαν έρθει να ζήσουν στη Μισιόν... Χιλιάδες βόιδια έτρεχαν στα εύρη της μισιόν [και] εκτάσεις σίτου και άλλων καλλιεργειών φυτεύονταν και θερίζονταν υπό την κατεύθυνση των πατέρων." Αυτό ήταν σε συμφωνία με τους αναφερόμενους στόχους των Ισπανικών μισιόν στην Καλιφόρνια και αλλού, να μεταμορφώσουν τον τρόπο ζωής του θνητού πληθυσμού σε κάτι που μοιάζει περισσότερο με αυτόν των Ισπανών.
Ο ναός μισιόν από τούβλα adobe και ξύλο ρεδγουντ χτίστηκε το 1809 υπό την επιβλεψη του πατέρα Narciso Duran, που είναι πιθανώς ο πιο θυμημένος παστώρ της μισιόν. Υπηρέτησε σε αυτή την ιδιότητα από 1806 έως 1833, συμπεριλαμβανομένης της ταραχώδους μετάβασης από την ισπανική κυριαρχία σε μια ανεξάρτητη Μεξικό στα χρόνια 1810 έως 1821, και ήταν επίσης κεφαλής όλων των μισιόν στην Καλιφόρνια για έναν αριθμό ετών μετά το 1824. Ο Duran αγαπούσε τη μουσική, και εκπαιδεύσε ένα "ορχήστρα 30 Ινδιάνων μουσικών, που έπαιζαν φλάουτο, βιολί, σαλπίγγα και ντύμπα, που ήταν το θαύμα της περιοχής," σημειώνει το CaliforniaMissions.com.
Στη δεκαετία του 1830, η μεξικανική κυβέρνηση σαικουλαρίσευσε όλες τις μισιόν στην Καλιφόρνια – εκτός από τη Μισιόν Santa Barbara – και τα έδαφη που ανήκαν στη San Jose διαιρέθηκαν για φάρμες και φαινόταν ότι το μεγαλύτερο μέρος της υπόλοιπης ιδιοκτησίας που κράτησε η μισιόν εκμεταλλεύτηκε. Μέχρι την εποχή που οι Ηνωμένες Πολιτείες πήραν την κατοχή της Καλιφόρνιας το 1848, μόνο λίγα κτίρια έμειναν από την“一ρός μισιόν. Οι Ηνωμένες Πολιτείες επέστρεψαν αυτά τα κτίρια στην Καθολική Εκκλησία τη δεκαετία του 1850, αλλά το 1868, ένα σεισμός εδαφίωσε το κτίριο ναού adobe. Αντικαταστάθηκε από μια ξύλινη δομή.
Η Μισιόν San Jose παρέμεινε στην ελαττωμένη της κατάσταση για το μεγαλύτερο μέρος του 20ου αιώνα καθώς αυτό το μέρος της βόρειας Καλιφόρνιας הגדילה γύρω της, αν και υπήρξαν μερικές προσπάθειες ανακατασκευής από τους Υιούς και Θυγατέρας του Χρυσού Δυτικού που ίδρυσαν ένα μουσείο στο χώρο και φύτευξαν λουλούδια και φοινίκες. Το 1973, κάτοικοι της περιοχής με ενδιαφέρον για τη χρωματιστή ιστορία της μισιόν ίδρυσαν τον μη κερδοσκοπικό, μη φυλετικό Comité για την Ανακατασκευή της Μισιόν San Jose. Το δεκαετές του στόχος θα ήταν να ανακατασκευήσει τη μισιόν στην πρώιμη δόξα του 19ου αιώνα όσο το δυνατόν περισσότερο σύγχρονα времена.
Το 1982, άρχισε η εργασία ανακατασκευής του κτιρίου ναού, με έμφαση στο να το κάνει όσο το δυνατόν πιο όμοιο με τη δομή του 1809, μια εργασία που ολοκληρώθηκε το 1985. Πιο πρόσφατα, το κτίριο μουσείου (πρώηνrektory) υπέστη seismic retrofitting, για να βοηθήσει να αντέξει μελλοντικούς σεισμούς. Στο μέλλον, άλλα δωμάτια που καταστράφηκαν στον σεισμό του 1868 – μεταξύ του ναού και του μουσείου – θα αναγεννηθούν επίσης με εμφάνιση πρώιμων 1800.
