Η Isla Mujeres χρησιμοποιήθηκε πρώτα από τους Μάγια για λατρεία της Ίξτσελ, θεάς φεγγαριού, ιατρικής και γονιμότητας. Ένα ναός τιμά την Ίξτσελ υπηρέτησε και ως πρωτότυπος φάρος. Οι Μάγια επισκέπτονταν για αλάτι στις λιμνοθάλασσες. Σήμερα είναι λαμπερό παράδεισος με σταθερή ροή τουριστών.
Ο Φρανσίσκο Ερνάνδεθ Κορδόβα προσγείωσε το 1517 και ονόμασε το νησί από τις αγάλματες θεάς που βρέθηκαν εκεί.
Μόνο πειρατές και αλιείς επισκέπτονταν για περισσότερους από 300 χρόνια, το νησί παρέμεινε ακατοίκητο.
Οι Μάγια ίδρυσαν μικρή κοινότητα το 1821. Η Μεξική την αναγνώρισε το 1850.
Το 1858, ο Φερμίν Αντόνιο Μουντάκα για Μαριτσάγκα έφτασε, χτίζοντας σπίτι και διεκδικώντας το 40% του νησιού.
Τα φεριβότ ξεκίνησαν όταν τοπικοί ανέβαιναν τουρίστες από το Κάνκουν. Μετά, ιδρύθηκε τακτική υπηρεσία που διαμένει σήμερα.
Το 1949, το Μεξικανικό Ναυτικό ίδρυσε βάση. Σήμερα, αλιεία και τουρισμός είναι οι κύριες βιομηχανίες.
