Η Alaska Airlines έχει γίνει στόχος καταγγελιών για καθυστερημένες πτήσεις, overbooking, κακή υπηρεσία και έλλειψη τροφίμων. Τα προβλήματα οδήγησαν όχι μόνο σε παραπόνους πελατών, αλλά και σε εξετάσεις από την FAA (Federal Aviation Administration) και το FBI. Αν και τα προβλήματα συνεχίζονται, σε ορισμένους τομείς η εταιρεία έχει βελτιωθεί.
Το ConsumerAffairs.com επιτρέπει καταγγελίες. Ένας επιβάτης ανέφερε ότι οι αερόποροι δεν ακολούθησαν διαδικασίες απογείωσης/προσγείωσης. Άλλος ζήσε φοβερή εμπειρία με χαμένες πτήσεις, overbooking και βλάβες αεροσκαφών στο ίδιο ταξίδι. Τρίτος πελάτης ενημερώθηκε στο gate ότι η πτήση Σιάτλ-Πίτσβουργк καθυστερούσε λόγω delayed connection από Σικάγο. Όταν έφτασε στο Σικάγο, η connection για Πίτσβουργκ είχε φύγει. Η Alaska πρότεινε νέα πτήση σε δύο ημέρες. Βρήκε εναλλακτική για την επόμενη μέρα, ξοδεύοντας $1.100 για εισιτήρια, ξενοδοχείο και φαγητό.
Το χειρότερο συμβάν: Πτήση 261 (Πουέρτα Βαγιάρτα, Μεξικό -> Πάκιστ) έπεσε στο Ειρηνικό ωκεανό outside Калифорνία (31 Ιαν 2000). Πέθαναν όλοι οι 88 (επιβάτες + πλήρωμα). Η έρευνα FAA βρήκε αιτία την μηχανική βλάβη jackscrew/nut assembly του horizontal stabilizer. Δείχνει και κακή αρχειοθέτηση συντήρησης και έλλειψη εποπτείας. Η εταιρεία εγκατέλειψε τα MD-80, χρησιμοποιώντας Boeing 737 και Bombardier. Αλλά μετά το 2000 συνέχισαν περιστατικά: 2005 απώλεια πίεσης λόγω ραγδασμάτος στο φουσελάζ, 2008 ακυρώσεις για επιθεωρήσεις, Οκτ 2009 καμένο φιούζ καθυστέρησε πτήσεις στο Seattle-Tacoma.
Το 2006 η Alaska είχε ένα από τα χειρότερα on-time records. Πιο πρόσφατα βελτίωση. Έκθεση Ιουλίου 2009 του DoT: Alaska 2η καλύτερη on-time arrival, μόλις πίσω από Hawaiian Airlines.
Ως οι περισσότερες, η Alaska χρησιμοποιεί overbooking. Το site της περιγράφει αναλυτικά την πολιτική και την αποζημίωση bumped πελατών, εξαρτώμενη από την ταχύτητα αναδρομολόγησης.
Το Office of Aviation Enforcement του DoT και το Aviation Consumer Protection Division περιγράφουν τα δικαιώματα (κρατήσεις/εισιτήρια, delayed/cancelled flights, overbooking, άτομα με αναπηρία).
