* Ποταμός Shinano :Ο μεγαλύτερος ποταμός στην Ιαπωνία, που διαρρέει τους νομούς Ναγκάνο, Νιιγκάτα και Τογιάμα.
* Tone River :Ο δεύτερος μεγαλύτερος ποταμός στην Ιαπωνία, που διασχίζει τους νομούς Gunma, Saitama, Ibaraki και Chiba.
* Ποταμός Mogami :Ο τρίτος μεγαλύτερος ποταμός στην Ιαπωνία, που διαρρέει τους νομούς Yamagata και Akita.
* Ποταμός Κίσο :Ο τέταρτος μεγαλύτερος ποταμός στην Ιαπωνία, που διασχίζει τους νομούς Nagano, Gifu, Aichi και Mie.
* Ποταμός Yodo :Ο πέμπτος μεγαλύτερος ποταμός στην Ιαπωνία, που διασχίζει τους νομούς Κιότο, Οσάκα και Χιόγκο.
Κύριες λίμνες στην Ιαπωνία:
* Λίμνη Biwa :Η μεγαλύτερη λίμνη της Ιαπωνίας, που βρίσκεται στον νομό Σίγα.
* Λίμνη Kasumigaura :Η δεύτερη μεγαλύτερη λίμνη στην Ιαπωνία, που βρίσκεται στον νομό Ibaraki.
* Λίμνη Inawashiro :Η τρίτη μεγαλύτερη λίμνη στην Ιαπωνία, που βρίσκεται στον νομό Φουκουσίμα.
* Λίμνη Towada :Η τέταρτη μεγαλύτερη λίμνη στην Ιαπωνία, που βρίσκεται στους νομούς Aomori και Akita.
* Λίμνη Κουσάρο :Η πέμπτη μεγαλύτερη λίμνη στην Ιαπωνία, που βρίσκεται στον νομό Χοκάιντο.
Κύρια στενά στην Ιαπωνία:
* Στενό Τσουγκαρού :Το στενό μεταξύ Χονσού και Χοκάιντο.
* Στενό Kanmon :Το στενό μεταξύ Χονσού και Κιουσού.
* Στενά Ακάσι :Το στενό μεταξύ Χονσού και Σικόκου.
* Στενό Κουρουσίμα :Το στενό μεταξύ Χονσού και Σικόκου.
* Bungo Strait :Το στενό μεταξύ Kyushu και Shikoku.
