Η καταγωγή της ιαπωνικής γλώσσας παραμένει ένα από τα πιο συναρπαστικά παζλ της γλωσσολογίας. Οι λόγοι έχουν προτείνει διάφορες θεωρίες, ωστόσο καμία ενιαία υπόθεση δεν έχει πετύχει συναίνεση. Δείτε τις κύριες προσεγγίσεις:
Αυτή η θεωρία υποστηρίζει γενετική σύνδεση μεταξύ της ιαπωνικής και της Αλταϊκής οικογένειας, η οποία περιλαμβάνει τα Κορεατικά, Μογγολικά και Τουνγουσικά. Οι υποστηρικτές αναφέρουν ομοιότητες στην αγγλutinative γραμματική και την βασική λεξιλόγιο. Ωστόσο, οι κριτικοί υποστηρίζουν ότι τα στοιχεία βασίζονται σε επιφανειακές ομοιότητες και όχι συστηματικές φωνητικές αντιστοιχίες, και η ίδια η Αλταϊκή οικογένεια διαφωνείται ευρέως.
Άλλη σχολή σκέψης επισημαίνει εντυπωσιακές παραλληλίες στη λεξιλόγιο σχετική με την ρυζοκαλλιέργεια, τη ναυτιλία και την αλιεία—υποδηλώνοντας επαφή με Αουστρονησιακούς ομιλητές από τη Νότιο Ανατολική Ασία ή τον Ειρηνικό. Μερικοί γλωσσολόγοι ταξινομούν την ιαπωνική μέσα σε ευρύτερο κλάδο "Γιαπωνικό" της Αουστρονησιακής.
Αυτή η υπόθεση υποδηλώνει ότι η γλώσσα των προ-γιαγιοί (πρίν 300 π.Χ.) κυνηγών-συλλεκτών της Ιαπωνίας άφησε λεξicale και δομικό αποτύπωμα στην ερχόμενη γλωσσα Γιάγιοι, δημιουργώντας υβριδική βάση.
Πολλοί σύγχρονοι γλωσσολόγοι ευνοούν ένα σύνθετο: η ιαπωνική πιθανώς προέκυψε από τη σύνδεση πολλαπλών γλωσσικών ροών—ηπειρωτικής Ανατολικής Ασίας, Αουστρονησιακής, και εγχώριας Παλαιολιθικής—διαμορφωμένη από χιλιετιές μετανάστευσης, εμπορίου και πολιτισμικής ανταλλαγής.
Συνοπτικά, η διαμάχη συνεχίζεται. Αυτό που είναι ξεκάθαρο είναι ότι η ιαπωνική έχει υποβληθεί σε βαθιά μεταμόρφωση, απορροφώντας επιρροές από ποικίλες πηγές για να γίνει η μοναδική γλώσσα που γνωρίζουμε σήμερα.
