Το όνομα Παναμά προέρχεται από μια ιθαγενή γλώσσα Κουέβα λέξη (συχνά παραπέμπεται ως pannamá ή bannaba) που σημαίνει «πλῆθος ψαριών» ή «τόπος πολλών ψαριών».
Οι Κουέβα εξαφανίστηκαν στο μεγαλύτερο βαθμό μέχρι τη δεκαετία του 1530 (λοιμώξεις, σκλαβωμοί). Το όνομα υιοθετήθηκε από τους ισπανούς κατακτητές για την κατοικία Παναμά (ιδρύθηκε 1519, μετακινήθηκε 1673 μετά την επίθεση του Henry Morgan). Η χώρα πήρε το όνομά της από την πόλη.
