Είναι συχνή παρεξήγηση ότι το επίπεδο της θάλασσας είναι το ίδιο παντού. Στη Διώρυγα Παναμά, η Ειρηνική πλευρά είναι κατά μέσο όρο 26 εκατοστών (περίπου 10 ίντσες) ψηλότερη από την Ατλαντική πλευρά. Αυτό δεν είναι λάθος—είναι φυσική.
Η διαφορά προκύπτει από υδατική πυκνότητα, θερμοκρασία, αλατότητα και κρατικά άνεμα/ρεύματα. Ο Ειρηνικός είναι λιγότερο αλμυρός και ελαφρώς θερμότερος, καθιστώντας το νερό του λιγότερο πυκνό. Οι εμπορικοί άνεμοι σωρώνουν επίσης νερό κατά της δυτικής Ειρηνικής. Ο Ατλαντικός, πιο αλμυρός και ψυχρότερος, κάθεται χαμηλότερα.
Αν η διώρυγα ήταν ένα απλό ανοιχτό τάφρος, ένα τεράστιο ρεύμα θα έτρεχε από τον Ειρηνικό στον Ατλαντικό. Αντ' αυτού, το σύστημα φραγμάτων διαχειρίζεται αυτή την κλίση, ανεβάζοντας τα πλοία έως τη Λίμνη Γκατούν (26 μ. πάνω από το επίπεδο της θάλασσας) και κατεβάζοντάς τα ξανά. Τα φράγματα εξισώνουν την απόκλιση, επιτρέποντας ασφαλή διάβαση.
Αυτή η κλίση επηρεάζει επίσης τις ωριακές διακυμάνσεις: ο Ειρηνικός έχει μεγαλύτερες ωρές (έως 3 μ.) ενάντια στην ατλαντική της μετριότητα 0,3 μ. Οι μηχανικοί λογίζουν τα πάντα—γιατί σε μια διώρυγα που μετακινεί 14.000 πλοία το χρόνο, 26 εκ. έχουν σημασία.
