Η Mission Santa Clara de Asis ήταν μια από τις πολλές αποστολές στην Καλιφόρνια που εκκοσμικεύτηκαν τη δεκαετία του 1830. Η γη και τα κτίρια της αποστολής πουλήθηκαν σε ιδιώτες και η αποστολή εγκαταλείφθηκε. Το 1851, ο τελευταίος μόνιμος ιερέας της αποστολής πέθανε και η αποστολή καταστράφηκε.
Αποκατάσταση και συντήρηση
Το 1869, η Καθολική Εκκλησία ανέκτησε τον έλεγχο της αποστολής. Η αποστολή ξαναχτίστηκε και αποκαταστάθηκε στην παλιά της αίγλη. Σήμερα, η Mission Santa Clara de Asis είναι ένα εθνικό ιστορικό ορόσημο και ένας δημοφιλής τουριστικός προορισμός.
Η αποστολή στεγάζει επίσης ένα μουσείο και ένα κατάστημα δώρων.