Τον Μάρτιο του 2009, ο CEO της JetBlue Dave Bargerδήλωσε το ενδιαφέρον της αεροπορικής για πιθανή συμμετοχή σε διεθνή συμμαχία. Από το 2007, η JetBlue έχει διαπραχθεί έναν αριθμό συμφωνιών με αεροπορικές, συμπεριλαμβανομένων της Aer Lingus, American Airlines, Lufthansa και South African Airways. Αυτά τα συμβόλαια μπορεί να διευκολύνουν την μελλοντική συμμετοχή σε διεθνείς αεροπορικές συμμαχίες, όπως η Oneworld ή η Star Alliance. Αποφάσεις από άλλους συνεργάτες της που δεν είναι μέλη συμμαχίας, όπως η Aer Lingus και η Virgin Atlantic, μπορεί επίσης να επηρεάσουν την συμμαχία της JetBlue.
Από Απρίλιο 2011, η JetBlue έχει συμφωνίες συνεργασίας με πολλές αεροπορικές. Από το 2007, έχει συμφωνία με την Aer Lingus για συνδέσεις προς και από περίπου 25 προορισμούς ΗΠΑ. Η συνεργασία της JetBlue με την Lufthansa επιτρέπει στους πελάτες να ταξιδεύουν μεταξύ ΗΠΑ και περίπου 200 προορισμών, ενώ η σύμβαση codeshare με την South African Airways προσφέρει συνδεδεμένες πτήσεις μέσω του Διεθνούς Αεροδρομίου John F. Kennedy της Νέας Υόρκης σε περίπου 40 προορισμούς. Η αεροπορική συνεργάζεται επίσης με την American Airlines και, από Μάρτιο 2011, με την Virgin Atlantic.
Η Star Alliance είναι παγκόσμιο δίκτυο αεροπορικών που ιδρύθηκε το 1997. Η JetBlue έχει αυτή τη στιγμή συμφωνίες συνεργασίας με δύο μέλη της Star Alliance: την Lufthansa και την South African Airways. Από το 2009, η JetBlue λειτουργεί το ίδιο σύστημα κράτησης με την Lufthansa. Πέρα από την κατέχουσα μερίδιο σε τρία άλλα μέλη συμμαχίας (Austrian, Brussels Airlines, και Swiss International Airlines), η Lufthansa κατέχει επίσης το 15,6% της JetBlue. Αυτοί οι παράγοντες μπορεί να επηρεάσουν την απόφαση της JetBlue να συμμετάσχει στη Star Alliance στο μέλλον.
Ιδρυμένη το 1999, η Oneworld έχει 12 πλήρη μέλη από Απρίλιο 2011, συμπεριλαμβανομένων της American Airlines, British Airways και Qantas. Το 2010, η JetBlue και η American Airlines άρχισαν να συνεργάζονται σε συνδεδεμένες πτήσεις προς και από Νέα Υόρκη και Βοστώνη. Η συμφωνία περιείχε δέσμευση να εξερευνηθούν άλλοι τρόποι που οι αεροπορικές μπορεί να συνεργαστούν στο μέλλον. Τον Ιούνιο 2010, η ιρλανδική αεροπορική Aer Lingus, πρώην μέλος Oneworld και συνεργάτης της JetBlue, σήμανε την πρόθεσή της να ξαναεισέλθει στην Oneworld ή σε άλλη συμμαχία.
Ιδρυμένη τον Ιούνιο 2000, η SkyTeam είναι μία από τρεις διεθνείς αεροπορικές συμμαχίες. Από Απρίλιο 2011, η SkyTeam περιλαμβάνει 13 αεροπορικές, συμπεριλαμβανομένων της Air France και KLM Royal Dutch Airlines. Η Delta Air Lines είναι η μόνη αμερικανική αεροπορική στη συμμαχία. Ο συνεργάτης της JetBlue Aer Lingus ανακοίνωσε τον Ιούνιο 2010 ότι θα εξετάζει τη συμμετοχή στη SkyTeam ή σε άλλη συμμαχία. Η Virgin Atlantic, άλλος συνεργάτης της JetBlue, ανακοίνωσε επίσης τον Απρίλιο 2011 ότι εξετάζε τη συμμετοχή στη SkyTeam ή σε άλλη συμμαχία.
