Ενώ το μετρό προσφέρει έναν βολικό και σχετικά οικονομικό τρόπο μετακίνησης στις μεγάλες πόλεις, έχει και μειονεκτήματα πέρα από τα πλεονεκτήματα. Πρέπει να εξετάσετε τόσο τα πλεονεκτήματα όσο και τα μειονεκτήματα των συστημάτων μετρό όταν αποφασίζετε ποια μορφή μεταφοράς να χρησιμοποιήσετε, καθώς η επίγεια μεταφορά μπορεί να είναι καλύτερη επιλογή για ορισμένους ανθρώπους.
Τα τρένα μετρό κάνουν πολύ θόρυβο, όχι μόνο όταν φτάνουν και φεύγουν αλλά και όταν βρισκόνται ανενεργοί στα ράγια καθώς οι επιβάτες μπαίνουν και βγαίνουν. Επιπλέον, οι επιβάτες εκτίθενται σε επικίνδυνα υψηλά ντεσιμπέλ κατά τη διάρκεια της πτήσης τους, τα οποία σε ορισμένες περιπτώσεις μπορεί να είναι ακόμα πιο δυνατά από τους ήχους στους οποίους εκτίθενται στις πλατφόρμες. Για παράδειγμα, ερευνητές του Πανεπιστημίου Columbia το 2006 βρήκαν ότι οι επιβάτες στα μετρό της Νέας Υόρκης είχαν ρουτίνα έκθεση σε ήχους άνω των 80 ντεσιμπέλ. Σε μακροπρόθεσμο χρονικό διάστημα, αυτός ο θόρυβος έχει την πιθανότητα να βλάψει μόνιμα την ακοή.
Σε περισσότερες πόλεις, τα συστήματα μετρό χρησιμοποιούνται από δέκα χιλιάδες ανθρώπους κάθε μέρα και η συμπίεση είναι πραγματικό ζήτημα — ειδικά στις ώρες αιγιαλών. Οι άνθρωποι που νευριάζουν ή αγχώνουν όταν συμπιέζονται σε στενό χώρο μπορεί να προτιμούν άλλες μορφές μεταφοράς, και οι υπέρπληκτες πλατφόρμες μετρό δημιουργούν σημαντικό δημόσιο κίνδυνο. Ερευνητές της Κινεζικής Ακαδημίας Επιστήμης Ασφαλείας και Τεχνολογίας έδειξαν σε μελέτη το 2009 ότι οι χρόνοι εκκένωσης σταθμών μετρό ήταν επικίνδυνα υψηλοί και ότι μια έκτακτη κατάσταση μπορεί να οδηγήσει σε υψηλό ανθρώπινο θύμα.
Κλοπές, ληστειες και επιθέσεις συμβαίνουν στα συστήματα μετρό σε όλο τον κόσμο. Ενώ κλειστά κυκλώματα κάμερας, φρουροί ασφαλείας και αυξημένη αστυνομική παρουσία μπορούν να αντιμετωπίσουν αυτά τα προβλήματα, οι πόροι δεν υπάρχουν για να εξοπλίσουν κάθε σταθμό μετρό σε ένα δημοτικό σύστημα με αυτά τα ασφαλιστικά μέτρα, αφήνοντας τους επιβάτες ευάλωτους σε αυτές τις απειλές. Σε ορισμένες μεγάλες πόλεις του κόσμου, η εγκληματικότητα στα μετρό συνεχίζει να τείνει προς τα πάνω, με πολλές δήμους να λείπουν τους πόρους για ενίσχυση ασφαλείας και αστυνομίας στα σταθμοί μετρό της πόλης τους.
Το να βρίσκεστε σε κοντινή πλησιέστερη με άλλους ανθρώπους και να αγγίζετε επιφάνειες που χιλιάδες άλλοι άνθρωποι αγγίζουν κατά τη διάρκεια μιας ημέρας μπορεί να οδηγήσει στη διάδοση βακτηρίων και ιών. Μπορείτε να μειώσετε αυτούς τους κινδύνους πρακτικεύοντας σωστή υγιεινή χεριών, αλλά ακόμη και ο πιο προσεκτικός επιβάτης μπορεί να πιάσει μια λοιμώδη ασθένεια στο μετρό. Έλεγχος μελέτη του Πανεπιστημίου Columbia το 2005 έδειξε ότι άνθρωποι που ταξιδεύουν σε αυτοκίνητα έχουν πολύ χαμηλότερο ρίσκο σύλληψης λοιμώδους ασθένειας από ανθρώπους που παίρνουν τακτικά το μετρό.
