Οι κινητήρες, είτε diesel, diesel-ηλεκτρικά, ή ηλεκτρικά, μπορούν να μεταφέρουν ανθρώπους και εμπορεύματα αποτελεσματικά. Αλλά αυτά, όπως άλλα μέσα μεταφοράς, έχουν μειονεκτήματα. Ενώ τα μειονεκτήματα των κινητήρων δεν ξεπερνούν την χρησιμότητα και τη σημασία τους, ωστόσο πρέπει να ληφθούν υπόψη.
Ενώ οι τιμές για κινητήρες δεν είναι με καμία περίπτωση τυπικές ή σταθερές, είναι γενικά αρκετά υψηλές. Για παράδειγμα, το 2010, η Massachusetts Bay Commuter Railroad Company αγόρασε μια νέα diesel-ηλεκτρική κινητήρα για να την ενσωματώσει στο σταθμό του προαστιακού σιδηροδρόμου της. Αυτή η κινητήρα κοστίσει στο Massachusetts Department of Transportation $114 εκατομμύρια. Αυτές οι κινητήρες είναι ειδικά αποδοτικές και γι' αυτό πιο ακριβές, αλλά αυτό δεν είναι ένα μη τυπικό κόστος για diesel-ηλεκτρικές κινητήρες, οι οποίες είναι 이 του δημοφιλείς στα προαστιακά σιδηροδρομικά στόλοι.
Το εκατό τοις εκατό του εμπορευματικού φορτίου στις Ηνωμένες Πολιτείες μεταφέρεται από diesel κινητήρες, καθώς και περίπου το 75 τοις εκατό του παγκόσμιου εμπορευματικού φορτίου. Το EPA υποδεικνύει ότι οι κινητήρες είναι σημαντικοί συνεισφέροντες στην ατμοσφαιρική ρύπανση της χώρας. Ενώ κυβερνητικοί οργανισμοί εργάζονται για να περιορίσουν τις εκπομπές, το συνολικό ποσό εμπορευμάτων που μετακινούνται από diesel κινητήρες περιορίζει πόση πρόοδος μπορεί να γίνει για την κοπή του συνολικού ποσού εκπομπών. Και αν και οι εκπομπές των κινητήρων είναι σημαντικά λιγότερες από αυτές των φορτηγών εμπορευμάτων, το γεγονός παραμένει ότι συμβάλλουν σημαντικά στα συνολικές εκπομπές της χώρας.
Με τις τιμές καυσίμου που ανεβαίνουν, τα κόστη λειτουργίας κινητήρων, ειδικά diesel κινητήρων, ανεβαίνουν. Εκτός αν μια κινητήρα τραβάει την πλήρη χωρητικότητά της εμπορευμάτων, δεν λειτουργεί με πλήρη αποδοτικότητα, γεγονός που συμβάλλει σε πρόσθετο κόστος για καύσιμο και μεταφορά φορτίου. Ενώ η κατανάλωση καυσίμου ανά τόνο εμπορευμάτων είναι λιγότερη για κινητήρες από ό,τι για φορτηγά εμπορευμάτων, ακόμα και όταν οι κινητήρες δεν τραβάνε στην πλήρη χωρητικότητά τους, το γεγονός παραμένει ότι οι diesel κινητήρες καταναλώνουν μεγάλα ποσά καυσίμου.
Οι κινητήρες αναγκάζονται να διατηρούν ορισμένες διαδρομές —δηλαδή, να μείνουν στα ράγια— εκτός αν κατασκευαστούν νέα ράγια. Για να μεταφέρετε εμπορεύματα από ένα μέρος σε άλλο, τα εμπορεύματα πρέπει πρώτα να μεταφερθούν με φορτηγό στο τρένο, μετά πρέπει να μεταφερθούν σε μια τοποθεσία κοντά στον τελικό προορισμό τους, και μετά πρέπει να μεταφερθούν με φορτηγό από το τρένο στον τελικό τους προορισμό. Ενώ οι κινητήρες τραβούν εμπορεύματα με τρόπους που είναι αποδοτικοί και αποτελεσματικοί, οι διαδρομές τους δεν αλλάζουν εύκολα.
