Οι καραϊβικές απολίθωσεις είναι εξαιρετικά ποικίλα οικοσυστήματα, ξεπερνόμενες μόνο από τα τροπικά δάση βροχής. Είναι σπίτι για κάθε είδος θαλάσσιων ζωών όπως ψάρια, ανεμόνες και εχινά. Κάθε οργανισμός στην απολίθωση εξαρτάται από τον άλλο και τα περιβάλλοντα του για επιβίωση. Οι ρίφες είναι όμορφες και συναρπαστικές, αλλά είναι ευαίσθητες σε βλάβη από ορισμένους οργανισμούς και ανθρώπινες πηγές.
Οι απολίθωσεις είναι μεγάλα, σύνθετα, οικοσυστήματα χτισμένα από τη μαζική συστένωση ενώσεων ασβέστιου και πυρίτιου. Οι απολίθωσεις, οι φύκιοι και ορισμένοι τύποι σφουγγάρων συνεισφέρουν όλους στο πλαίσιο μιας απολίθωσης. Οι ρίφες είναι ποικίλες και μπορεί να έχουν έως 60 διαφορετικούς τύπους απολίθωσης στην υποδομή τους. Η ανάπτυξη αυτών των απολίθωσεων είναι συνήθως ανώμαλη, γεγονός που έχει ως αποτέλεσμα ακραίες αλλαγές τοπογραφίας και λειανότητας. Αυτό συμβαίνει κυρίως επειδή κάθε μεμονωμένος οργανισμός μεγαλώνει και πεθαίνει σε διαφορετικά ρυθμοί. Αυτές οι αλλαγές στην τοπογραφία θα έχουν ως αποτέλεσμα τη δημιουργία σκιάς που παρέχει καταφύγιο σε άλλους οργανισμούς.
Εκατό διαφορετικά είδη ψαριών μπορεί να καλέσουν μια καραϊβική ρίφα σπίτι. Όλα τα ψάρια ρίφας είναι μοναδικά και εξαρτώνται το ένα από το άλλο για επιβίωση. Ένα κοινό ψάρι απολίθωσης είναι το Τζακ. Τα Τζακ είναι μεγάλα, γρήγορα, ασημένια ψάρια που κολυμπούν σε σωρούς. Τα Τζακ είναι σαρκοφάγα και συνήθως κυνηγούν μικρότερα ψάρια. Ένα άλλο κοινό ψάρι είναι το Γαλλικό Αγγελικό Ψάρι, γνωστό στην επιστημονική κοινότητα ως Pomacanthus paru. Τρέφεται από σφουγγάρια και μπορεί να φτάσει 30 cm μήκους.
Τα ψάρια δεν είναι ο μόνος τύπος ζωής που ζει στις απολίθωσεις. Οι φονικές κιδώνες myös κατοικούν τις καραϊβικές απολίθωσεις. Είναι διστόμια και γνωστές επιστημονικά ως Tridacna. Αυτοί οι οργανισμοί προσκολλώνται σε φύκια, απολίθωσεις και θαλασσινές ανεμόνες. Ενώ η φονική κιδώνα είναι προσκολλημένη, μεταφέρει τακτικά ενώσεις άνθρακα στον οικοδεσπότη. Ένας άλλος μη-ψαρικός οργανισμός είναι ο Καραϊβικός Εχίνος, γνωστός ως Diadema antillarum, ένας οργανισμός που τρέφεται από απολίθωση. Ήταν σχεδόν εξαφανισμένο τη δεκαετία του 1980 αλλά έχει ανακατασκευαστεί από τότε.
Η οικολογία, η μελέτη των σχέσεων μεταξύ οργανισμών σε καθορισμένη περιοχή, είναι σύνθετη στις καραϊβικές απολίθωσεις. Οι μεγάλοι οργανισμοί τρέφουν συχνά μικρότερους οργανισμούς όπως μικρότερα ψάρια, καβούρια και εχινά. Οι μικρότεροι οργανισμοί θα τρέφουν μικρότερους οργανισμούς όπως απολίθωση ή διαφορετικούς τύπους πλάγκτον. Ομοιομορφικές σχέσεις, ή σχέσεις που ωφελούν και τα δύο συμμετέχοντα είδη, υπάρχουν στην Καραϊβική επίσης. Ένα παράδειγμα είναι η σχέση μεταξύ κλόουν ψαριού και ανεμόνας. Το κλόουν ψάρι προσελκύει φαγητό για την ανεμόνα ενώ το κλόουν ψάρι εγγυάται προστασία και καταφύγιο.
Δυστυχώς, οι ρίφες είναι ευαίσθητες σε βλάβη. Απολίθωσεις σε άλλα μέρη του κόσμου έχουν βλαφθεί από ορισμένους οργανισμούς. Για παράδειγμα, στην κορυφή του, ο Αστερίας Corona-of-Thorns κατέστρεψε περίπου 90 τοις εκατό των απολίθωσεων στο Γουαμ. Αν ένας οργανισμός όπως αυτός εξελιχθεί στην Καραϊβική, τα αποτελέσματα θα μπορούσαν να είναι καταστροφικά. Τρέχουσες απειλές στην Καραϊβική περιλαμβάνουν ασθένειες όπως λευκοζώνη νόσος, μαύρη-μαύρη νόσος και λευκή πανούκλα II, όλες ασθένειες που επιτίθενται στις απολίθωσεις. Πέρα από τις ασθένειες, η ανθρωπογενής ρύπανση επίσης θα καταστρέψει τις απολίθωσεις. Μια ρύπανση πετρελαίου το 1986 στο Παναμά σκότωσε το 76 τοις εκατό των κοντινών απολίθωσεων.
