Οι κοραλλιογενείς φάραγγες συνθέτονται από σκληρά και μαλακά κοράλια, εκτός από ένα περίπλοκο μείγμα ζωντανών οντοτήτων. Ότι από σφουγγάρια και μαλακιά, μέχρι ψάρια, θαλασσίες χελώνες και καρχαρίες επισκέπτονται και διαμένουν στις κοραλλιογενείς φάραγγες. Οι διάφορες espècies ζωής διασυνδέονται και εξαρτώνται η μια από την άλλη για επιβίωση. Το Reef Relief είναι ένας μη κερδοσκοπικός οργανισμός που περιγράφει τις κοραλλιογενείς φάραγγες ως εξής: "Οι κοραλλιογενείς φάραγγες είναι ένα από τα πιο βιολογικά ποικίλα οικοσυστήματα στη γη, αντιπαρθένα μόνο από τα τροπικά δάση βροχής."
Αποθέσεις ασβέστolithου βρίσκονται στο πάτωμα μιας κοραλλιογενούς φάραγγας. Ο ασβέστolithος και τα κοράλια είναι πρωταρχικά συστατικά μιας κοραλλιογενούς φάραγγας. Το κοράλι φτιάχνεται από συνοικίες μικρών θαλάσσιων ζώων που λένε πολύπους. Οι πολύπους είναι συνδεδεμένοι μεταξύ τους μέσω ζωντανού ιστού. Οι ερματοτύπες πολύπους είναι εκείνοι που δημιουργούν σκληρό κοράλι που εκκρίνουν ασβέστolithο. Ο σκληρυμένος ασβέστolithος είναι αυτό που διαμορφώνει τη φάραγγα. Οι ζωντανοί πολύπους ζουν μόνο στην ανώτατη στρώση της φάραγγας. Ο εκπαιδευτικός ιστότοπος ReefED εξηγεί: "Όπως το κοράλι μεγαλώνει, νέοι πολύπους αντικαθιστούν τους παλιούς πολύπους που γίνονται ο ασβεστώδης σκελετός."
Οι πολύπους πεθαίνουν μετά τη συνεισφορά τους σε αυτό που γίνεται το κάτω στρώμα της δομής της κοραλλιογενούς φάραγγας. Από πάνω προς τα κάτω, οι οργανισμοί που αποτελούν μια κοραλλιογενή φάραγγα καθορίζονται από το περιβάλλον της ξερής γης και της θαλάσσιας. Για παράδειγμα, το κοράλι Goniopora (Galaxea) υπάρχει σε λασπωμένο θεμέλιο και εσωτερικά νερά. Άλλες κοραλλιογενείς φάραγγες βρίσκονται σε δάση μανγκρόβια και λιβάδια θαλάσσιας φytoύς που βρίσκονται κοντά. Οι τύποι κοραλλιογενών φαραγγών είναι φάραγγες φρίνζινγκ, μπαριέρα φάραγγες και κοραλλιογενή ατόλ.
Το πάτωμα του ωκεανού εξυπηρετεί ως πάτωμα για τις φάραγγες φρίνζινγκ. Όταν ένα γονιμοποιημένο αβγό κοραλλιού αναπτύσσεται σε πλάνολα, μετά από κάποιο χρόνο, καθίζει στο πάτωμα του ωκεανού. τελικά γαλαζεύει και αρχίζει να διαμορφώνει τη κοραλλιογενή συνοικία. Το πάτωμα της ηπειρωτικής πλακούς είναι εκεί που προερχόνται οι φάραγγες που διαμορφώνονται κατά langs της ακτής. Το πάτωμα εκεί περιέχει άμμοιβες από διάβρωση ηπείρου. Οι φάραγγες φρίνζινγκ είναι ο τύπος που παραμένει συνεχής με τη χερσαία μάζα.
Οι μπαριέρα φάραγγες μεγαλώνουν πιο μακριά στον ωκεανό, αλλά παράλληλα με την ακτή. Η Μεγάλη Μπαριέρα Νήσος αποτελείται από 3.000 μεμονωμένα συστήματα φαραγγών. Στρώμα μετά στρώμα ασβέστolithος βασιστεί σε αμμώδες πάτωμα. Σύμφωνα με τον Οργανισμό Μεγάλης Μπαριέρα Νήσου, "Πολλές γενιές νεκρών κοραλλιών έχουν χτίσει τους εαυτούς τους σε μεγάλα τοιχώματα πέτρας καλυμμένα με ποικίλη γκάμα ζωντανών οργανισμών..." Πλατφόρμες ασβέστolithου στο αμμώδες πάτωμα της φάραγγας κάλυπτουν με μαλακά κοράλια, σφουγγάρια και άλλα φυτά και ζώα.
Οι κοραλλιογενείς ατόλ είναι φάραγγες που αναπτύσσονται προοδευτικά σε εκατομμύρια χρόνια. Αυτοί οι δακτύλιοι κοραλλιών ξεκινούν στην πραγματικότητα ως φάραγγες φρίνζινγκ που περιβάλλουν ένα ηφαιστιακό νησί. Οι φάραγγες φρίνζινγκ μεταγενέστερη διαμορφώνουν μπαριέρα φάραγγες όταν το νησί καταβυθίζεται σχεδόν στο επίπεδο της θάλασσας. Η φάραγγα συνεχίζει να μεγαλώνει προς τα πάνω, ακόμα και μετά το να το νησί έχει καταβυθιστεί και είναι πλήρως κάτω από το επίπεδο της θάλασσας. Το βραχυδέρμινες πάτωμα επιφάνειας ενός κοραλλιογενούς ατόλ λέγεται kay. Αποτελείται από κοράλι που έχει σπάσει σε μια πληθώρα κομματιών λόγω κύμα και άνεμος διάβρωση.
