Οι κοραλλιογενείς φάραγγες είναι μοναδικά οικοσυστήματα που δημιουργούνται από κοράλλια, ζωντανούς οργανισμούς που αποκρίνουν σκληρό σκελετό ανθρακικού ασβεστίου που δημιουργεί τη βάση του φάραγγα. Οι κοραλλιογενείς φάραγγες φιλοξενούν ευρεία ποικιλία οργανισμών που χρησιμοποιούν τα κοράλλια ως καταφύγιο και πηγή τροφής. Οι κοραλλιογενείς φάραγγες μπορούν να βρεθούν στη Φλόριδα, Αυστραλία, τα Καραϊβικά, την Ινδία και την Ερυθρά Θάλασσα.
Τα κοράλλια παρέχουν τη ραχοκοκαλιά των κοραλλιογενών φάραγγων. Αν και τα κοράλλια αναφέρονται συχνά ως οργανισμοί ως ταυτότητα, είναι στην πραγματικότητα αποτελεσμένα από μικροσκοπικά ζώα που ονομάζονται πολύπια. Τα σκληρά κοράλλια αποτελούνται από πολύπια με εξάδεκτα ή πολλαπλάσια εξάδεκτων. Τα μαλακά κοράλλια έχουν πολύπια με οκτώ τεντακλ.
Οι φάλαινες, δελφίνες, καρχαρίες και φωκοί είναι μεταξύ των πιο συναρπαστικών ειδών που μπορούν να βρεθούν στους κοραλλιογενείς φάραγγες. Περίπου 30 είδη φαλαινών, δελφίνων και φωκών ζουν ή επισκέπτονται μόνο το Μεγάλο Φάραγγα Κοράλλιων. Οι νάνες φάλαινες και οι φάλαινες με βαλενοκρανίδες προσελκύονται στους φάραγγες από τις τεράστιες ποσότητες μικροσκοπικού πλανκτόν και κρίλ, τα οποία αποτελούν την κύρια διατροφή τους. Δελφίνες, καρχαρίες και φωκοί τρέφουν μεγαλύτερα ψάρια, που βρίσκονται σε αφθονία στους κοραλλιογενείς φάραγγες, ιδιαίτερα σε swallow νερά σε εκβολές ποταμών ή λιμάνια.
Χιλιάδες είδη ψαριών ζουν στους κοραλλιογενείς φάραγγες. Ποικίλλουν σε μέγεθος, χρώμα, λογεβότητα και μοτίβα αναπαραγωγής. Για παράδειγμα, η ανεμώνη, το πιο γρήγορο ψάρι που ζει στους κοραλλιογενείς φάραγγες, μπορεί να κολυμπά εννιά και μισό μήκη σώματος ανά δευτερόλεπτο, σε σύγκριση με περίπου δύο μήκη σώματος ανά δευτερόλεπτο του πιο γρήγορου Ολυμπιονίκη κολυμβητή. Στην άλλη άκρη είναι το ιππόκαμπος, το οποίο, παρά το όνομά του δεν είναι πολύ γρήγορο και χρειάζεται περίπου δύο και μισή ημέρα για να ταξιδέψει ένα χιλιόμετρο, ή περίπου 0,62 μίλια.
Τα είδη θαλασσίων χελώνων που μπορούν να βρεθούν στους κοραλλιογενείς φάραγγες περιλαμβάνουν Πράσινη, Δερματοειδή, Κεφαλαιοειδή, Πλατιόστιχα, Χελώνα Καρατσας και Ελιά Ολίβια χελώνες. Οι θαλασσίες χελώνες βάζουν αυγά στην άμμο. Η θερμοκρασία της άμμου καθορίζει το φύλο των χελώνων, με ψυχρότερη άμμο να παράγει αρσενικά χελώνες και ζεστότερη άμμο να έχει ως αποτέλεσμα θηλυκά χελώνες. Οι θαλασσίες χελώνες μπορούν να ζήσουν έως 100 χρόνια. Δεκατέσσερα είδη θαλασσίων φιδιών βρίσκονται στους κοραλλιογενείς φάραγγες. Τα θαλασσία φίδια έρχονται στην επιφάνεια για να αναπνεύσουν κάθε δύο ώρες ή νωρίτερα.
Εκατόδες είδη πουλιών ζουν στους κοραλλιογενείς φάραγγες. Περιλαμβάνουν θαλάσσια αετοί, γλάροι, άλκες, στέρνες και ρίψοκοποι. Τα πουλιά έχουν τα φωλιά τους στην ακτή ή στα νησιά που φτιάχνονται ή περιβάλλουν από τους κοραλλιογενείς φάραγγες. Τα θαλασσινά πουλιά τρώνε κυρίως ψάρια αρπάζοντάς τα από την επιφάνεια του νερού.
