Το μεγαλύτερο μέρος της Μέσης Ανατολής είναι γνωστό για τις όμορφες ερήμους και τις οάσεις. Πολλές από αυτές τις ερήμους βρίσκονται στην Αίγυπτο. Αν και πολλές περιοχές είναι πλούσιες σε μοναδική χλωρίδα και πανίδα, οι συνθήκες στη większość αυτών των ερημικών εκτάσεων είναι πολύ σκληρές για ανθρώπινους κατοίκους. Αυτές οι ερήμους είναι επίσης πλούσιες αρχαιολογικά· αποδείξεις δείχνουν ότι η περιοχή δεν ήταν πάντα τόσο ανήκεστη όσο σήμερα.
Η Δυτική Ερημός, δυτικά του ποταμού Νείλου, είναι η μεγαλύτερη ερημός στην Αίγυπτο. Θεωρείται συνόριακή περιοχή από την κυβέρνηση, η Δυτική Ερημός είναι περίπου το μέγεθος της Τέξας. Αυτή η ερημός έχει επτά σημαντικές κατακύψεις· εξ από αυτές θεωρούνται οάσεις εκτός από την Κατάκυψη Κατтара, η οποία βρίσκεται κάτω από το επίπεδο της θάλασσας και περιέχει αλμυρό νερό. Το πλάτωμά της, το Πλάτωμα Τζιλφ αλ Καμπίρ, είναι περίπου 1.000 μέτρα υψόμετρο. Καμία ποτάμια ή ρέματα δεν ρέουν μέσα ή έξω από τη Δυτική Ερημός· γεμίζει με κακοδημήτρους εκτάσεις, αλυκές βάλτους και αλυκές λίμνες. Αυτή η ερημός έχει χωριστεί σε δύο νομαρχίες: Ματρούχ και Νέα Κοιλάδα.
Η ακατοίκητη Μαύρη Ερημός βρίσκεται μέσα στη Δυτική Ερημός. Οι τουρίστες την επισκέπτονται σε ομαδικές εκδρομές για να δουν την Οάση Φαραφρά, την Οάση Μπαχαρέγια, το Βουνό του Κρυστάλλου και τη Λευκή Ερημός. Παρά το όνομά της, η Μαύρη Ερημός δεν είναι τόσο μαύρη όσο αναμένεται. Έχει ηφαίστειο-μορφολογικά βουνά με πολλά μικρά μαύρα πέτρες. Το πάτωμα της ερήμου είναι καστανό-πορτοκαλί έδαφος και έχει επίσης πολλά μαύρα πέτρες. Στις αποικιακές μέρες, ένα προκαταστατικό του αγγλικού στρατού βρισκόταν σε ένα βραχοειδές λόφο που λέγεται Γκμπελ ελ-Ιγκλίζ. Αυτή η τοποθεσία έχει βράχους και λευκή άμμο με μαύρο βασαλτικό πέτρας διασπαρμένο.
Η Λιβυκή Ερημός στη Σαχάρα βρίσκεται εν μέρει στην Αίγυπτο και εν μέρει στη Λιβύη και το Σουδάν. Αυτή η ξηρή, ανήκεστη ερημός έχει γυμνά πλατέα βράχους και αμμώδεις πεδιάδες. Το ανώτερο σημείο της, το Όρος Αλ-Ογουάνατ, έχει υψόμετρο 6.345 πόδια. Οι κάτοικοι βρίσκονται κυρίως στην αιγυπτιακή πλευρά αυτής της ερήμου σε πέντε οάσεις και μία οάση στη Λιβύη.
Η Ερημός Σινά στην Αίγυπτο είναι σπίτι για άγριες αλεπούδες, κατσίκα, γλύντες, δορκάδες, ερπετά και ραπτούχια. Έχει πολύ λίγη βροχόπτωση, η οποία εξαφανίζεται πολύ γρήγορα λόγω της εξτρεμ ζέστης. Υπάρχουν απολιθωματικά αποδείξεις σε αυτή την ερημός ότι υπήρξε πολλή βροχόπτωση πριν από 1,8 εκατομμύρια χρόνια στην Περίοδο Κουατερνάρι. Το οικοσύστημα της Ερήμου Σινά υποστηρίζει διάφορους τύπους φυτών που έχουν προσαρμοστεί στις σκληρές συνθήκες. Το βραχοειδές και βουνωδες χερσόνησο έχει αμμωδείς εκτενείς γαιών. Στο νότιο τμήμα αυτής της ερήμου ο άνεμος γλύφει μικρά κυματά στις δύο πλευρές μιας μεγάλης άμμοθίνης.
