Οι βακτήρια σε όλο τον ωκεανό βρίσκονται σε ποικιλία φυτών στην αμμώδη πάτωμα και κοραλλιογενείς δομές. Οι βακτήρια παίζουν σημαντικό ρόλο στην ωκεανική τροφική αλυσίδα, παρέχοντας φαγητό για μικρά οργανισμούς και φυτά. Οι βακτήρια παρέχουν επίσης τον δομικό οίκο για πολλούς ιούς στα βαθιά ωκεανοί του κόσμου.
Το Thiomargarita namibiensis είναι ένας τύπος βακτηρίου που βοηθάει στις εκρήξεις θειικού υδρογόνου κοντά στην Αφρική. Το Thiomargarita namibiensis ζει σε ένα μέρος που λέγεται Benguela Dwelling, το οποίο έχει υψηλές συγκεντρώσεις φυτοπλαγκτόν. Λόγω του φυτοπλαγκτόν, το thiomargarita namibiensis απορροφά και πέπτει οργανική ύλη υπό συνθήκες με πολύ λίγο έως κανένα οξυγόνο. Η έκκριση οργανικής ύλης παρέχει το περιβάλλον ιάμα με θειικό υδρόγονο, το οποίο απελευθερώνεται μόλις η πίεση είναι αρκετά μεγάλη.
Βοηθώντας να γεμίσει η Γη με τίμιο οξυγόνο είναι τα κυανοβακτήρια, μια πολύ αρχαία μορφή βακτηρίων. Οι επιστήμονες ξέρουν ότι τα κυανοβακτήρια παράγουν οξυγόνο μέσω της διαδικασίας φωτοσύνθεσης. Η φωτοσύνθεση συμβαίνει όταν ένας οργανισμός, συνήθως πράσινα φυτά, λαμβάνει ηλιοφάνεια και εκπέμπει οξυγόνο στην ατμόσφαιρα. Πιστεύεται ότι τα κυανοβακτήρια εκπέμπουν οξυγόνο κατά μια περίοδο όταν η Γη άρχιζε να ευδοκιμεί. Με την παραγωγή αυτού του οξυγόνου, τα ζωντανά όντα, συμπεριλαμβανομένων φυτών, ζώων, και ανθρώπων, ήταν σε θέση να επιβιώσουν σε μια αλλιώς ακατοίκητη ατμόσφαιρα.
Τα Αρχαία, ανακαλυφθέντα το 1970, είναι μια μορφή βακτηρίων σχετικά νέα στην επιστήμη. Πιστεύεται ότι τα Αρχαία καλύπτουν τεράστια ποσά του ωκεανικού πάτου, τόσο όσο το 50 τοις εκατό. Τα Αρχαία βρίσκονται σε ακραία περιβάλλοντα όπως υδροθερμικές φραγμές, οι οποίες εκπέμπουν αέρια θερμότητας στον ωκεανικό νερό. Μια μορφή Αρχαίων είναι γνωστή να ευδοκιμεί από αέριο μεθάνιο. Το μεθάνιο υπάρχει στα βάθη της γήινης κρούστας και θεωρείται συνεισφέρει στην παγκόσμια θέρμανση. Αν τα βακτήρια archaea αυξηθούν στον ωκεανό, το μεθάνιο και τα άλλα διάφορα αέρια που παγιδεύονται μέσα στα βράχια και την αμμώδη πάτωμα μπορεί να αλλάξουν τη χημεία της ωκεανικής ζωής.
