Ο πρώτος καταγεγραμμένος Ευρωπαίος που φτάνει στον Ποτάμιο Μισισιπί ήταν ο ισπανός conquistador Hernando de Soto, που αντιμετώπισε τον ποταμό το 1541 κατά τη διάρκεια της εκτενούς, βίαιας εκστρατείας του μέσω ό,τι τώρα είναι η νοτιοανατολική Ηνωμένες Πολιτείες.
Ο de Soto κατεβιβάστηκε κοντά στο Tampa Bay, Φλόριντα, τον Μάιο 1539 με ~600 άνδρες, 200+ άλογα, σκύλους πολέμου, και χοίρους. Ο στόχος του: βρεί χρυσά βασίλεια όπως αυτά που ο Cortés και ο Pizarro κατέκτησαν στη Μεξική και το Περού. Αντ' αυτού, η εκστρατεία του γίνει τετραετής κακομοιαρία μαρσ, μαχών, λιμοκτονίας, και διασποράς ασθενειών σε δέκα σύγχρονες πολιτείας.
Την άνοιξη 1541, η εξαντλημένη δύναμη του de Soto προσήλθε στον ποταμό από ανατολικά, πιθανώς κοντά στο σύγχρονο Μέμφις, Τενεσί. Το Μισισιπί — τεράστιο, λασπωμένο, και γρήγορο — εντυπώσιας ακόμα και αυτούς τους βεETERANO conquistadors. Χάραξαν εβδομάδες χτίζοντας ράφτια και βάρκες για να διαβήσουν, χάνοντας άνδρες από καταπόνιση και επιθέσεις εγχωρίων.
Ο de Soto δεν βρήκε ποτέ χρυσό. Πέθανε από πυρετό τον Μάιο 1542 κοντά στον ποταμό (πιθανώς στο Αρκάνσας ή Λουιζιάνα). Οι άνδρες του, τώρα ~300, χτίσαν βάρκες και πλώρησαν κατεύθυνση του Μισισιπί στο Κόλπο, μετά ακολούθησαν την ακτή στο Μεξικό — ολοκληρώνοντας την πρώτη ευρωπαϊκή διαversalή του μήκους του ποταμού.
Ενώ οι εγχώριοι λαοί γνώριζαν και χρησιμοποιούσαν το Μισισιπί για χιλιετίες, ο Hernando de Soto κρατά τη αμφιλεγόμενη διάκριση να ήταν ο πρώτος Ευρωπαίος που το έγγραψε — ανοίγοντας αιώνες εξερεύνησης, εκμετάλλευσης, και μετασχηματισμού του μεγάλου ποταμού.
