Η σημαία που φlásαρε στο Λευκό Οίκημα στην αρχή του Εμφυλίου Πολέμου δεν ήταν η ίδια σημαία που ήταν εκεί όταν ο πόλεμος τελείωσε. Ήταν περάσει από διάφορες εκδόσεις κατά τη διάρκεια του Πολέμου· ωστόσο, ήταν όλα παράγωγα της Πρώτης Απόφασης Σημαίας 1777 όπου το Continental Congress υιοθέτησε μια μέτρηση που decía ότι η σημαία των Ηνωμένων Πολιτειών είναι να είναι "δεκατρία ράβδους, εναλλακτικά κόκκινο και λευκό· ότι η ένωση είναι δεκατρία αστέρια, λευκά σε μπλε πεδίο, αντιπροσωπεύοντας ένα νέο αστέρι."
Το Ορέγκον ήταν η 33η πολιτεία που συνδέθηκε στην Ένωση. Όταν συνδέθηκε τον Φεβρουάριο 1859, ένα 33ο αστέρι έπρεπε να προστεθεί στη σημαία. Αυτή η νέα σημαία ήταν η επίσημη σημαία της الأمة όταν ο Abraham Lincoln ηρκούσε ως Πρόεδρος και ήταν η σημαία της Ένωσης όταν οι νότιες πολιτείες άρχισαν να αποχωρούν ξεκινώντας με τη Νότια Καρολίνα τον Δεκέμβριο 1860. Παρά την αποχώρηση του Νότου, ο Πρόεδρος Lincoln αρνήθηκε να αφαιρέσει αστέρια από τη σημαία γιατί αυτό θα ήταν αναγνώριση ότι ο Νότος είχε το δικαίωμα να αποχωρήσει. Η σημαία 33 αστεριών ήταν σε ισχύ από 1859 έως 1861.
Αν και το Κansaς έγινε η 34η πολιτεία πριν την πραγματική εκρήξη εχθρότητας στο Fort Sumter στις 12 έως 14 Απριλίου 1861, η σημαία με ένα αστέρι που αντιπροσωπεύει την νέα πολιτεία δεν έγινε επίσημη μέχρι τις 4 Ιουλίου 1861. Ο Πρόεδρος Lincoln ήταν ο μόνος πρόεδρος που υπηρέτησε υπό αυτή τη σημαία. Αυτή η σημαία ήταν σε ισχύ από 1861 έως τις 3 Ιουλίου 1863. Αυτή η ημερομηνία συμπίπτει επίσης με το τέλος της Μάχης Gettysburg κάνοντας αυτή τη σημαία τη σημαία Ένωσης κατά τη διάρκεια εκείνης της διάσημης μάχης.
Στην αρχή του Εμφυλίου Πολέμου, η Δυτική Βιρτζίνια ήταν μέρος της Βιρτζίνιας. Οι άνθρωποι αυτής της ορεινής περιοχής δεν συμφώνησαν με την αποχώρηση της πολιτείας από την Ένωση. Αντιπρόσωποι από τα 26 δυτικά counties συναντήθηκαν και προσπάθησαν να δημιουργήσουν μια νέα πολιτεία. Το 1862, το ομοσπονδιακό Congress έγκρισε αυτή τη νέα πολιτεία και στις 4 Ιουλίου 1863 προστέθηκε ένα νέο αστέρι στη σημαία για να αντιπροσωπεύσει τη Δυτική Βιρτζίνια. Αυτή η νέα σημαία ήταν η σημαία στην οποία ο Robert E. Lee παραδόθηκε τις 12 Απριλίου 1865 και ήταν η σημαία Ένωσης όταν ο Πρόεδρος Lincoln δολοφονήθηκε τις 15 Απριλίου 1865.
Η δυτική πολιτεία Nevada συνδέθηκε στην Ένωση τις 31 Οκτωβρίου 1864. Αυτή η νέα πολιτεία αποτελούνταν από εδαφος που ανήκε σε καμία άλλη πολιτεία. Δεν υπήρξε διαίρεση στην πίστη μέσα σε αυτή την πολιτεία όπως είχε συμβεί με τη Δυτική Βιρτζίνια. Η σημαία 36 αστεριών έγινε επίσημη στις 4 Ιουλίου 1865 και ήταν η σημαία της الأمة όταν οι εχθρότητες τελείωσαν και η χώρα ήταν μια φορά ακόμα Wiedervereinigt.
