Οι κοραλλιογενείς φάραγγες είναι υδατικά οικοσυστήματα με φάραγγα καλυμμένη από κοραλλιογενή ζώα ως βάση. Οι χιλιάδες espècies οργανισμών στη φάραγγα εξαρτώνται η μια από την άλλη σε μια ισορροπία. Οι ανθρωπίνες δραστηριότητες, συμπεριλαμβανομένης της υπεραλιείας, αναστατώνουν την ευαίσθητη ισορροπία στη κοραλλιογενή φάραγγα. Η βλάβη στη φάραγγα μπορεί να οδηγήσει σε βλάβη πέρα από αυτήν, καθώς οι φάραγγες βοηθούν να αποτρέψουν την διάβρωση στην ακτή.
Οι προόδοι στην αλιευτική τεχνολογία και η αύξηση της ζήτησης για ψάρια οδήγησαν τις αλιευτικές επιχειρήσεις να χρησιμοποιούν πιο αποτελεσματικές τεχνικές αλιείας για να πιάσουν περισσότερα ψάρια. Ωστόσο, παρά τους νόμους που προστατεύουν ορισμένες περιοχές από την αλιεία ή περιορίζουν την ποσότητα αλιείας που μπορεί να γίνει σε μια περιοχή, ορισμένες περιοχές, συμπεριλαμβανομένων ορισμένων κοραλλιογενών φαραγγών, εξακολουθούν να υφίστανται υπεραλιεία καθώς συγκεκριμένες espècies που ζητούνται λαμβάνονται από τη φάραγγα.
Η υπεραλιεία, κατά ορισμό, οδηγεί σε μείωση του πληθυσμού συγκεκριμένων espècies ψαριών, ειδικά εκείνων που είναι σε υψηλή ζήτηση. Αυτή η μείωση πληθυσμού επηρεάζει τη σχέση προσαγαγέα-προσβολέα, καθώς οι espècies που εξαρτώνται από τους υπεραλιευμένους οργανισμούς πρέπει να ψάξουν αλλού για τροφή. Η υπεραλιεία μπορεί να επηρεάσει το μέγεθος, την αφθονία, την ποικιλότητα και τη σύνθεση των espècies, σύμφωνα με το Πανεπιστήμιο του Μισσιγάν.
Το εφέ domino αναφέρεται στην οικολογική ισορροπία της φάραγγας. Οι espècies της φάραγγας εξαρτώνται η μια από την άλλη, από τη σχέση zooxanthellae με τα κοράλια μέχρι τους προσαγαγείς που κυνηγάνε τα ψάρια. Η υπεραλιεία αφαιρεί ζεύγη από την τροφική αλυσίδα με την εξαφάνιση των espècies. Αυτό σημαίνει ότι οι προσαγαγείς από πάνω δυσκολοπεύονται να βρουν τροφή, ενώ οι οργανισμοί χαμηλότερα στην αλυσίδα απολαμβάνουν ανάπτυξη, η οποία αναστέλλει την οικολογική ισορροπία της φάραγγας και μπορεί να οδηγήσει στην καταστροφή της φάραγγας όταν συγκεκριμένες espècies ευδοκιμούν. Για παράδειγμα, το αστερόσφαιρο Crown of Thorns τρέφεται από κοράλια, καταστρέφοντας τη φάραγγα.
Η υπεραλιεία αναστέλλοντας την οικολογική ισορροπία της φάραγγας οδηγεί στην καταστροφή κοραλλιογενών φαραγγών, ανισορροπία στη σύνθεση των espècies και διαταραχμένα μοτίβα αναπαραγωγής..Sequentially, η καταστροφή των κοραλλιών θα οδηγήσει σε διάβρωση στην ακτή κοντά στις φάραγγες. Η υπεραλιεία σημαίνει απώλεια ειδών ψαριών και απώλεια εσόδων από τουρισμό για χώρες με φάραγγες, με χαρακτηριστικό την Αυστραλία.
