Ένα κοραλλιογενές ρίφ χτίζεται από μια κολονία ζωντανών θαλάσσιων οργανισμών που ονομάζονται κοραλλιογενείς, οι οποίοι εκκρίνουν ένα σκληρό ουσία αποκαταστάσεως ασβέστιου που διαμορφώνει τη δομή ενός ρίφ. Αν και τα κοραλλιογενή ρίφ είναι πολύ σκληρά και μοιάζουν με βράχο, είναι στην πραγματικότητα αρκετά fragile και εύκολα βλάπτονται. Υπάρχουν διάφορα πράγματα που μπορούν να βλάψουν ένα κοραλλιογενές ρίφ.
Οι καταιγίδες που παράγουν ισχυρά κύματα, όπως κυκλώνες και τυφώνες ή άλλες φυσικά συμβαίνουσες καταστροφές όπως τσουνάμι, μπορούν να βλάψουν σοβαρά ένα ρίφ. Τα ισχυρά κύματα που παράγονται από αυτά τα events μπορούν να χτυπήσουν ένα ρίφ και να σπάσουν κλάδους κοραλλιογενών.
Η ιδανική θερμοκρασία νερού για κοραλλιογενείς είναι μεταξύ περίπου 73 και 84 βαθμών Fahrenheit. Σε ορισμένα μέρη του κόσμου, η ωκεανική θερμοκρασία ανεβαίνει. Αυτό έχει ως αποτέλεσμα τα κοραλλιογενή polyps να εκτοξεύουν zooxanthellae από τα συστήματά τους, οδηγώντας σε κοραλλιογενή φωτίασμα. Το Zooxanthellae είναι η πηγή ενέργειας του κοραλλιογενούς, και με τίποτα στα συστήματά τους για να παράγουν ενέργεια, το κοραλλιογενές τελικά πεθαίνει.
Η ρύπανση από ανθρωπογενείς πηγές έχει γίνει σοβαρή απειλή για τα κοραλλιογενή ρίφ. Ρυπαντικά όπως απορροή από αγροκτήματα, αποχετεύσεις, ή χημικά, όλα μπορούν να βλάψουν ή να καταστρέψουν κοραλλιογενείς. Αυτά τα ρυπαντικά μπορούν να βοηθήσουν την ανάπτυξη φύκων, τα οποία ανταγωνίζονται με κοραλλιογενείς· ή μπορούν να μειώσουν την ποσότητα οξυγόνου στο νερό, ουσιαστικά καταπνίγοντας το κοραλλιογενές.
Υπάρχουν πολλοί τρόποι αλιείας που πρακτίζονται σε όλο τον κόσμο που έχουν βλαβερές επιπτώσεις στα κοραλλιογενή ρίφ. Το blast fishing, το οποίο χρησιμοποιεί υποβρύχια εκρήξεις για να πιάσει ψάρια, καταστρέφει δομές κοραλλιογενών ρίφ. Μερικοί αλιείς χρησιμοποι υανίδιο στο νερό για να αναστηρίξουν ψάρια ώστε να πιαστούν ζωντανά. Τα κοραλλιογενή polyps μπορούν να σκοτωθούν από το κυανίδιο. Άλλοι στυλ περιλαμβάνουν το χτύπημα στο ρίφ με βακτηρίδιες για να τρομάξουν ψάρια στα δίκτυα. Αυτή η πρακτική μπορεί να βλάψει σοβαρά ένα ρίφ.
Οι επιπτώσεις της υπεραλιείας κοντά στα κοραλλιογενή ρίφ μπορεί να μην είναι τόσο ξεκάθαρες όσο άλλες απειλές για κοραλλιογενείς, αλλά μπορεί να είναι εξίσου καταστροφικές, καθώς επηρεάζει την οικολογική ισορροπία του κοραλλιογενούς ρίφ. Ως παράδειγμα, αν ο πληθυσμός ενός τύπου ψαριού — ένας τύπος που τρώει φυτά και φύκια που ζουν κοντά ή σε ένα κοραλλιογενές ρίφ — εξαντληθεί, μπορεί να οδηγήσει σε αύξηση της πηγής τροφής αυτού του ψαριού μόλις ο «predator» έχει αφαιρεθεί. Αυτά τα φυτά και φύκια יכουν να πολλαπλασιαστούν εκτός ελέγχου· ουσιαστικά καταλαμβάνουν το κοραλλιογενές, και το καταπνίγουν. Χωρίς την παρουσία του predator ψαριού, η οικοσύστημα πετάει εκτός ισορροπίας.
