Η Συμμαχία Αμφιβίων Ραχιών δηλώνει ότι «οι κοραλλιογενείς εξαρτώνται από τα zooxanthellae (φύκα) που μεγαλώνουν μέσα σε αυτούς για οξυγόνο. ...» Οι περισσότερες αμφίβιες ραχίες βρίσκονται κοντά στην επιφάνεια του νερού. Οι κοραλλιογενείς και τα φύκα δεν μπορούν να επιβιώσουν χωρίς φωτεινότητα. Χιλιάδες μονοκύτταρα φύκα ζουν στο μικρό στομάχι κάθε κοραλλιογενούς πολύπους, ο οποίος είναι ένα μικρό ζώο. Οι κοραλλιογενείς παρέχουν ένα προστατευτικό περιβάλλον για τα φύκα. Τα απόβλητα των φύκων εκκρίνουν ασβέστιο, ο οποίος χτίζει την αμφίβια ράχια.
«Οι κοραλλιογενείς και τα φύκα έχουν μια αμοιβαία ωφέλιμη σχέση», δηλώνει η Εθνική Ωκεανική και Ατμοσφαιρική Διοίκηση. Τα Zooxanthellae, γνωστά και ως φωτοσυνθετικά φύκα, είναι παρόντα στους κοραλλιογενείς που χτίζουν ραχίες. Τα Zooxanthellae είναι ζωτικής σημασίας για την παροχή σωστής διατροφής σε μια αμφίβια ράχια, σε ένα περιβάλλον γεμάτο φτωχή διατροφή. Τα Zooxanthellae της κλάσης D είναι ιδιαίτερα ωφέλιμα στην προστασία της ράχιας από τους σκληρούς περιβαλλοντικούς παράγοντες που την καταστρέφουν. Τα φύκα δίνουν στους κοραλλιογενείς οξυγόνο και βοηθούν στην απομάκρυνση των αποβλήτων τους. Οι κοραλλιογενείς παρέχουν στα φύκα ένα περιβάλλον που ευνοεί τη φωτοσύνθεση.
Σύμφωνα με το Κέντρο Συνεργατικής Έρευνας για την Παγκόσμια Κληρονομιά της Μεγάλης Αμφιβίας Ράχιας, τα ερυθρά καλκαρώδη coralline φύκα σκονίζουν τους κοραλλιογενείς μαζί και χτίζουν τη δομή της ράχιας. Τα καλκαρώδη φύκα παράγουν καρβονικό ασβέστιο και οργανική ύλη σε τροπικές και υποτροπικές αμφίβιες ραχίες. Τα φύκα συμβάλλουν σημαντικά στη διατήρηση μιας υγιούς ράχιας —κάνουν την ράχια πιο δυνατή και την προστατεύουν από την έφθιση.
Φυσικές ταραχές, εξόρυξη κοραλλιογενών, ακταια ανάπτυξη, υπεραλιεία, καταιγίσεις και ρύπανση προκαλούν ανθοδότηση φύκων, οι οποίοι καταπνίγουν και καταστρέφουν τις αμφίβιες ραχίες. Τα φύκα δίνουν στους κοραλλιογενείς τα ζωντανά τους χρώματα. Όταν τα φύκα πεθαίνουν ή φεύγουν από την ράχια, η αμφίβια ράχια καταστρέφεται. Ως αποτέλεσμα, η αμφίβια ράχια γίνεται λευκή στην εμφάνιση, η οποία είναι γνωστή ως λεύκανση κοραλλιογενών. Βλαβερά φύκα σκοτώνουν την αμφίβια ράχια, επειδή μπλοκάρουν τη φωτεινότητα, η οποία είναι απαραίτητη για την επιβίωση της ράχιας. Τα ψάρια τρώνε φύκα και ελέγχουν την ανάπτυξη των φύκων. Η υπεραλιεία προκαλεί υπερβολική ανάπτυξη φύκων, η οποία σκοτώνει τις σκληρές αποικίες κοραλλιογενών.
Σκούπιδα, λιπάσματα, απόβλητα, τα οποία περιέχουν υψηλά ποσά αζώτου· ιλύση· πετρέλαιο, αέριο και παρασιτοκτόνα ρυπαίνουν το νερό και μολύνουν τα φύκα. Αυτό στη σειρά του καταστρέφει τις τροπικές αμφίβιες ραχίες που έχουν πάρει χρόνια να μεγαλώσουν. Η παγκόσμια εύφλεξη προκαλεί τη θερμοκρασία της Γης να γίνει θερμότερη —εξαιρετικά βλαβερά για τα φύκα. Η παγκόσμια εύφλεξη μπορεί να σκοτώσει τα φύκα και ως αποτέλεσμα οι αμφίβιες ραχίες πεθαίνουν.
