Τα ενδιάμεσα, ή "φορτηγά", κοντέινερ μετακινούν τεράστιες ποσότητες εμπορευμάτων σε όλο τον κόσμο σε πλοία, τρένα, φορτηγά και άλλα. Τα ενδιάμεσα κοντέινερ χρησιμοποιούνται για τη μεταφορά αντικειμένων μεγάλες αποστάσεις και γνωρίζονται ως ενδιάμεσα διότι μπορούν να αλλάξουν τρόπους μεταφοράς με ευκολία. Υπάρχει κάποια διαφοροποίηση εντός τύπου κοντέινερ και εντός κατασκευαστή κοντέινερ.
Η AP Moller-Maersk Group, η Mediterranean Shipping Group και η CMA CGM είναι οι τρεις μεγαλύτερες εταιρίες κοντέινερ ναυσιπλοΐας στον κόσμο. Λειτουργούν χιλιάδες πλοία που μεταφέρουν ενδιάμεσα κοντέινερ σε όλες τις γωνίες του κόσμου. Η ικανότητά τους να μεταφέρουν μετριέται σε TEU, ή Twenty-foot Equivalent Unit, το τυπικό μέτρο ενός ενδιάμεσου κοντέινερ. Συνολικά, λειτουργούν με εκατομμύρια TEU σε όλο τον κόσμο.
Μια παραλλαγή του ενδιάμεσου είναι το κοντέινερ δεξαμενής, όπου ένας κυλινδρικός δεξαμενής τοποθετείται μέσα στο πλαίσιο ενός ενδιάμεσου κοντέινερ. Αυτά χρησιμοποιούνται για τη μεταφορά υγρών ή υγροποιημένων αερίων ή ακόμα και κρυογόνιων αερίων, αερίων που αποθηκεύονται μέσω ψύξης. Μια παραλλαγή του κοντέινερ δεξαμενής είναι το κοντέινερ σωλήνα, με διάφορους μικρότερους σωλήνες, που χρησιμοποιούνται συνήθως για αποθήκευση πιεσμένων αερίων.
Τα επίπεδα ράφια είναι μακρινά ενδιάμεσα με ανοιχτή κορυφή, συνήθως δεσμευμένα για τη μεταφορά αντικειμένων που δεν χωρούν μέσα στα τυπικά ενδιάμεσα κοντέινερ αποστολής. βαριά μηχανήματα αποθηκεύονται συχνά σε επίπεδα ράφια ώστε να μην χρειάζεται να διασπαθούν για να χωρέσουν μέσα στα τυπικά μονάδες ενός TEU. Μέσα στα φορτηγά πλοία, αποθηκεύονται κάτω από την κατάστρωση διότι η ανοιχτή κορυφή τους αφήνει τα περιεχόμενα ευάλωτα στα στοιχεία και την άπωση του αλατιστού νερού.
Τα ψυκτικά ενδιάμεσα κοντέινερ χρησιμοποιούνται για τη μεταφορά εμπορευμάτων που φθείρονται ή αποσυνθέτονται πάνω από μια συγκεκριμένη βέλτιστη θερμοκρασία. Συνήθως χρησιμοποιούνται σε ρυμουλκούμενα φορτηγά, τα ψυκτικά ενδιάμεσα κοντέινερ απαιτούν πηγή καυσίμου, είτε τοποθετημένη στο φορτηγό είτε στο ίδιο το κοντέινερ, για να τροφοδοτήσουν το ψυκτικό. Οι ιδιοκτήτες γεωργικών επιχειρήσεων ωθούν για πιο αποδοτικά ψυκτικά ενδιάμεσα κοντέινερ במאמץ να μειώσουν τις εκπομπές διοξειδίου του άνθρακα και να μειώσουν το κόστος ψύξης εμπορευμάτων για μεγάλο χρονικό διάστημα.
